BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	217,036	T→A	13.5%	intergenic (‑230/+23)	rocD2_1 ← / ← brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	217,036	0	T	A	13.5%	341.6 / 38.0	111	intergenic (‑230/+23)	rocD2_1/brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/41); new base A (9/6); total (64/47)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01

Only 100 of 117 total aligned reads displayed.

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

tACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGttt                                                                                            >  1:1010835/1‑91 (MQ=255)

tACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGttt                                                                                            >  1:2337693/1‑91 (MQ=255)

tACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGttt                                                                                            >  1:2589176/1‑91 (MQ=255)

 aCTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTa                                                                                           >  1:2806207/1‑91 (MQ=255)

       atTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACatat                                                                                     <  1:462635/91‑1 (MQ=255)

        ttttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATg                                                                                    <  1:2876211/91‑1 (MQ=38)

         tttttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGGATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATgc                                                                                   <  1:4076175/91‑2 (MQ=38)

           tttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACt                                                                                 >  1:1350137/1‑91 (MQ=255)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                >  1:958512/1‑91 (MQ=255)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                >  1:4058931/1‑91 (MQ=255)

            ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                >  1:3712507/1‑91 (MQ=255)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  1:875294/1‑91 (MQ=255)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  1:4029174/1‑91 (MQ=255)

              gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                              >  1:1615205/1‑91 (MQ=255)

                ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGc                                                                            <  1:713782/91‑1 (MQ=25)

                ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGc                                                                            <  1:3618093/91‑1 (MQ=25)

                ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc                                                                            >  1:366877/1‑91 (MQ=255)

                 gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa                                                                           >  1:776278/1‑91 (MQ=255)

                 gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa                                                                           >  1:145537/1‑91 (MQ=255)

                 gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa                                                                           <  1:4084422/91‑1 (MQ=255)

                         ttGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatta                                                                   >  1:2659196/1‑91 (MQ=255)

                         ttGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGAGGCATAGtatta                                                                   <  1:3187414/91‑1 (MQ=255)

                           gATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATg                                                                 <  1:3532405/91‑1 (MQ=255)

                            atatGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGc                                                                <  1:1371995/91‑1 (MQ=255)

                               tgtatgtaTACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtg                                                             >  1:1137434/1‑91 (MQ=255)

                                gtatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgt                                                            <  1:1067061/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          <  1:2320914/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          <  1:2321108/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          >  1:2194464/1‑91 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          <  1:874049/91‑1 (MQ=255)

                                  atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                          >  1:455818/1‑91 (MQ=255)

                                   tgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGa                                                         >  1:453617/1‑91 (MQ=255)

                                   tgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGa                                                         >  1:3644865/1‑91 (MQ=255)

                                     tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                       >  1:1077071/1‑91 (MQ=255)

                                     tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                       >  1:3582990/1‑91 (MQ=255)

                                        aCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAtttt                                                    >  1:872571/1‑91 (MQ=255)

                                          gATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTAc                                                  <  1:2572106/91‑1 (MQ=255)

                                            ttGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa                                                <  1:1202442/91‑1 (MQ=255)

                                            ttGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa                                                <  1:2426888/91‑1 (MQ=255)

                                             tGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGAt                                               <  1:641152/91‑1 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              >  1:3912801/1‑91 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              <  1:514655/91‑1 (MQ=255)

                                              gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                              <  1:514656/91‑1 (MQ=255)

                                               cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                             <  1:2764260/91‑1 (MQ=255)

                                                aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                            >  1:3021188/1‑91 (MQ=255)

                                                 gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCtt                                           >  1:370762/1‑91 (MQ=255)

                                                    tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                        <  1:1361598/91‑1 (MQ=255)

                                                    tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                        <  1:3281546/91‑1 (MQ=255)

                                                    tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                        <  1:1361152/91‑1 (MQ=255)

                                                     aaTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtt                                       >  1:3078373/1‑91 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    >  1:575532/1‑91 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    <  1:445743/91‑1 (MQ=255)

                                                        gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                    >  1:3378030/1‑91 (MQ=255)

                                                          agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtata                                  >  1:2867731/1‑91 (MQ=255)

                                                             aTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaat                               <  1:109383/91‑1 (MQ=255)

                                                             aTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaat                               <  1:109360/91‑1 (MQ=255)

                                                              tGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaata                              >  1:3922832/1‑91 (MQ=255)

                                                               gAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaataa                             <  1:478128/91‑1 (MQ=255)

                                                                 aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                           >  1:3948109/1‑91 (MQ=255)

                                                                 aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                           >  1:2614412/1‑91 (MQ=255)

                                                                  tAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGa                          <  1:823485/91‑1 (MQ=255)

                                                                       aaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg                     <  1:2865563/91‑1 (MQ=255)

                                                                       aaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg                     >  1:595408/1‑91 (MQ=255)

                                                                        aTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGa                    >  1:1601535/1‑91 (MQ=255)

                                                                          gCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATa                  >  1:3945221/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  1:2391060/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGGGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                 >  1:4135377/1‑91 (MQ=255)

                                                                            cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                <  1:429808/91‑1 (MQ=255)

                                                                            cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                >  1:3183533/1‑91 (MQ=255)

                                                                            cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                <  1:3886372/91‑1 (MQ=255)

                                                                              caAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGa              >  1:2401203/1‑91 (MQ=255)

                                                                              caAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGa              >  1:2002009/1‑91 (MQ=255)

                                                                               aaGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa             <  1:3702009/91‑1 (MQ=255)

                                                                               aaGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa             >  1:1813018/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  1:1680034/2‑91 (MQ=38)

                                                                                 tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  1:2135978/2‑91 (MQ=38)

                                                                                 gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           <  1:1421768/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           <  1:117692/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           <  1:117437/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc           >  1:2104487/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    tatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        <  1:3538429/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    tatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        >  1:3725555/1‑91 (MQ=39)

                                                                                    tatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa        >  1:3119771/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:2478801/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:2823033/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:3570666/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:2478666/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       <  1:1082279/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCATAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:3570682/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:2184212/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:1254350/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:1254403/1‑91 (MQ=39)

                                                                                     atGTTAAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt       >  1:3234518/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGTTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCTATAATGAAACCAATc      <  1:3536494/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGTTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      <  1:3537079/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      >  1:606421/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      <  1:2955927/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc      >  1:2444066/1‑91 (MQ=255)

                                                                                          tAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAc  <  1:3498316/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          tAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAc  >  1:2812439/1‑91 (MQ=255)

TACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAC  >  USA300TCH1516_ALE/216946‑217126

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`