BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	217,045	A→C	9.5%	intergenic (‑239/+14)	rocD2_1 ← / ← brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	217,045	0	A	C	9.5%	389.3 / 27.3	116	intergenic (‑239/+14)	rocD2_1/brnQ_1	Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/44); new base C (8/3); total (69/47)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01

Only 100 of 117 total aligned reads displayed.

TTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAA  >  USA300TCH1516_ALE/216957‑217135

 ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                         >  1:958512/1‑91 (MQ=255)

 ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                         >  1:4058931/1‑91 (MQ=255)

 ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                         >  1:3712507/1‑91 (MQ=255)

   gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                                       >  1:875294/1‑91 (MQ=255)

     ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGc                                                                                     <  1:713782/91‑1 (MQ=25)

     ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc                                                                                     >  1:366877/1‑91 (MQ=255)

      gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa                                                                                    >  1:776278/1‑91 (MQ=255)

      gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa                                                                                    >  1:145537/1‑91 (MQ=255)

      gATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa                                                                                    <  1:4084422/91‑1 (MQ=255)

        tAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGCAtt                                                                                  <  1:4047341/91‑2 (MQ=21)

              ttGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGAGGCATAGtatta                                                                            <  1:3187414/91‑1 (MQ=255)

                gATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATg                                                                          <  1:3532405/91‑1 (MQ=255)

                 atatGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGc                                                                         <  1:1371995/91‑1 (MQ=255)

                     gtatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgt                                                                     <  1:1067061/91‑1 (MQ=255)

                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   >  1:455818/1‑91 (MQ=255)

                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   <  1:874049/91‑1 (MQ=255)

                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   <  1:2321108/91‑1 (MQ=255)

                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   <  1:2320914/91‑1 (MQ=255)

                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   >  1:2194464/1‑91 (MQ=255)

                        tgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGa                                                                  >  1:453617/1‑91 (MQ=255)

                        tgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGa                                                                  >  1:3644865/1‑91 (MQ=255)

                          tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                                >  1:3582990/1‑91 (MQ=255)

                          tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                                >  1:1077071/1‑91 (MQ=255)

                          tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                                >  1:2387847/1‑91 (MQ=255)

                           ataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAtt                                                               >  1:2807257/1‑91 (MQ=255)

                            taCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAttt                                                              <  1:1305193/91‑1 (MQ=255)

                             aCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAtttt                                                             >  1:872571/1‑91 (MQ=255)

                               gATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTAc                                                           <  1:2572106/91‑1 (MQ=255)

                                 ttGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGa                                                         <  1:1202442/91‑1 (MQ=255)

                                  tGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGAt                                                        <  1:641152/91‑1 (MQ=255)

                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       >  1:3912801/1‑91 (MQ=255)

                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       <  1:514656/91‑1 (MQ=255)

                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       <  1:514655/91‑1 (MQ=255)

                                    cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                                      <  1:2764260/91‑1 (MQ=255)

                                    cAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGc                                                      <  1:2522505/91‑1 (MQ=255)

                                     aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                                     >  1:3021188/1‑91 (MQ=255)

                                      gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCtt                                                    >  1:2112756/1‑91 (MQ=255)

                                      gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCtt                                                    >  1:370762/1‑91 (MQ=255)

                                         tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                                 <  1:3281546/91‑1 (MQ=255)

                                         tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                                 <  1:1361598/91‑1 (MQ=255)

                                         tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                                 <  1:1361152/91‑1 (MQ=255)

                                          aaTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtt                                                >  1:3078373/1‑91 (MQ=255)

                                             gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                             >  1:3378030/1‑91 (MQ=255)

                                             gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                             >  1:575532/1‑91 (MQ=255)

                                               agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtata                                           >  1:2867731/1‑91 (MQ=255)

                                                  aTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaat                                        <  1:109383/91‑1 (MQ=255)

                                                  aTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaat                                        <  1:109360/91‑1 (MQ=255)

                                                   tGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaata                                       >  1:3922832/1‑91 (MQ=255)

                                                    gAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaataa                                      <  1:478128/91‑1 (MQ=255)

                                                      aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                                    >  1:3948109/1‑91 (MQ=255)

                                                      aTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg                                    >  1:2614412/1‑91 (MQ=255)

                                                       tAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGa                                   <  1:823485/91‑1 (MQ=255)

                                                        aaaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGaa                                  >  1:1102151/1‑91 (MQ=255)

                                                            aaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg                              >  1:595408/1‑91 (MQ=255)

                                                            aaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg                              <  1:2865563/91‑1 (MQ=255)

                                                             aTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGa                             >  1:1601535/1‑91 (MQ=255)

                                                               gCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATa                           >  1:3945221/1‑91 (MQ=255)

                                                                ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                          >  1:2391060/1‑91 (MQ=255)

                                                                ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGGGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                          >  1:4135377/1‑91 (MQ=255)

                                                                 cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                         <  1:429808/91‑1 (MQ=255)

                                                                 cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                         >  1:3183533/1‑91 (MQ=255)

                                                                 cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                         <  1:3886372/91‑1 (MQ=255)

                                                                   caAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGa                       >  1:2401203/1‑91 (MQ=255)

                                                                   caAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGa                       >  1:2002009/1‑91 (MQ=255)

                                                                    aaGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa                      >  1:1813018/1‑91 (MQ=255)

                                                                    aaGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa                      <  1:3702009/91‑1 (MQ=255)

                                                                      tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc                    >  1:1680034/2‑91 (MQ=38)

                                                                      tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc                    >  1:2135978/2‑91 (MQ=38)

                                                                      gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc                    <  1:117692/91‑1 (MQ=255)

                                                                      gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc                    <  1:117437/91‑1 (MQ=255)

                                                                      gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc                    >  1:2104487/1‑91 (MQ=255)

                                                                      gCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc                    <  1:1421768/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa                 <  1:3538429/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa                 >  1:3119771/1‑91 (MQ=39)

                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                <  1:1082279/91‑1 (MQ=255)

                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:3570666/1‑91 (MQ=255)

                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:2478666/1‑91 (MQ=255)

                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:2478801/1‑91 (MQ=255)

                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:2823033/1‑91 (MQ=255)

                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATGTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                <  1:450864/91‑1 (MQ=255)

                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCATAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:3570682/1‑91 (MQ=255)

                                                                          atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:2184212/1‑91 (MQ=39)

                                                                          atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:1254403/1‑91 (MQ=39)

                                                                          atGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:1254350/1‑91 (MQ=39)

                                                                          atGTTAAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                >  1:3234518/1‑91 (MQ=255)

                                                                           tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGTTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc               <  1:3537079/91‑1 (MQ=255)

                                                                           tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc               >  1:2444066/1‑91 (MQ=255)

                                                                           tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc               <  1:3537069/91‑1 (MQ=255)

                                                                           tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc               >  1:606421/1‑91 (MQ=255)

                                                                           tGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc               >  1:3629260/1‑91 (MQ=255)

                                                                             ttaaaCATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCaa             >  1:4123338/4‑91 (MQ=255)

                                                                               tAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAc           >  1:2812439/1‑91 (MQ=255)

                                                                               tAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAc           <  1:3498316/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 aCATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTg         >  1:1758788/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  cATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTga        <  1:3908484/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     atGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaa     <  1:1710861/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGACTGTGGTATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAGTGAGaac    >  1:2082025/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaac    >  1:3303293/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGACTGTGGAATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAGTGAGaac    >  1:2082510/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        aCTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaacaa  <  1:2166302/91‑1 (MQ=255)

TTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAA  >  USA300TCH1516_ALE/216957‑217135

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`