| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 217,046 | C→T | 9.4% | intergenic (‑240/+13) | rocD2_1 ← / ← brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 217,046 | 0 | C | T | 9.4% | 356.2 / 21.3 | 117 | intergenic (‑240/+13) | rocD2_1/brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/45); new base T (8/3); total (69/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |