| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 290,156 | A→T | 12.2% | intergenic (+47/‑180) | gatB_1 → / → gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIB component/PTS system galactitol‑specific EIIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 290,156 | 0 | A | T | 12.2% | 307.4 / 29.7 | 98 | intergenic (+47/‑180) | gatB_1/gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIB component/PTS system galactitol‑specific EIIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/57); new base T (4/8); total (33/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTGAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTAC‑AAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTGACTGTAATTCAAAAGGACTGCAGTCGAATTTAG > USA300TCH1516_ALE/290066‑290244 | ttgAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTAC‑AAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCaaa < 1:1579555/91‑1 (MQ=255)ttgAAGAAACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTAC‑AAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCaaa > 1:2796416/1‑91 (MQ=255) aagaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTACAAAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAAtt > 1:3161062/1‑91 (MQ=255) aagaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTAC‑AAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTg < 1:692291/91‑1 (MQ=255) agaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTAC‑AAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAATTTGc < 1:2907638/91‑1 (MQ=255) gaaACAAAACAACAAATCTTAACAGAGTTAC‑AAAAATAACGGAATTGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAATTTGCa < 1:3049540/91‑1 (MQ=255) 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aaTTGATATGTAACGTGGGTCAATAACATATTAATATAGGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGaa < 1:637944/91‑1 (MQ=255) tGATATGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACg > 1:2376620/1‑91 (MQ=255) atatGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCa < 1:2350867/91‑1 (MQ=255) tatGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAg > 1:3652839/1‑91 (MQ=255) atGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGt > 1:2867745/1‑91 (MQ=255) atGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGt > 1:2338035/1‑91 (MQ=255) atGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGt > 1:2121582/1‑91 (MQ=255) tGTAACGTGGGTCGATAACATATTAATATATGCAAATTGCATATAAATGACTATCACGACAAATGATTGTTGATGACATAGAAACGCAGTg < 1:4054905/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |