| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 11,100 | C→A | 5.9% | intergenic (+105/‑159) | blaI → / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 11,100 | 0 | C | A | 5.9% | 1617.9 / 63.7 | 454 | intergenic (+105/‑159) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (222/205); new base A (5/22); total (227/227) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 463 total aligned reads displayed.
AAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAACCCAACAAAAAA > CP000731/11011‑11190 | aaaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTcc < 1:760642/91‑1 (MQ=255) gtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAg > 1:97767‑M1/81‑91 (MQ=255) aCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAg > 1:1021086/1‑91 (MQ=255) aataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGaaaa > 1:715352/1‑91 (MQ=255) ataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAAt > 1:2161094/1‑91 (MQ=255) taCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATa > 1:1637184/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |