BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	346,350	0	C	T	5.0%	587.9 / 11.9	172	I55I (ATC→ATT)	sotB	sugar efflux transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/91); new base T (5/4); total (77/95)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 175 total aligned reads displayed.

GCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTG  >  USA300TCH1516_ALE/346260‑346440

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    tttGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTaa                                                                                        >  1:3626647/1‑91 (MQ=255)

     ttGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAAc                                                                                       <  1:1722435/91‑1 (MQ=255)

        gTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaat                                                                                    >  1:460865/1‑91 (MQ=255)

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          aTTGTAAGTATTGGTTGTAGTATTAATTATAAAAAAGACGATGGTGAAAAAGGTTCGATGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACgataa                                                                                  <  1:4150240/91‑1 (MQ=255)

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           ttGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaataat                                                                                 <  1:2249550/91‑1 (MQ=255)

            tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACGATAAtt                                                                                <  1:1511750/91‑1 (MQ=255)

            tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAAtt                                                                                <  1:3014405/91‑1 (MQ=255)

            tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAAtt                                                                                <  1:1444821/91‑1 (MQ=255)

             ggAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTg                                                                               <  1:2004137/91‑1 (MQ=255)

              gAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGc                                                                              >  1:1494511/1‑91 (MQ=255)

               aaGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCt                                                                             <  1:2657193/91‑1 (MQ=255)

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                aGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCtt                                                                            <  1:923861/91‑1 (MQ=255)

                aGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCtt                                                                            <  1:2840638/91‑1 (MQ=255)

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                                ttaattaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATttatt                                                            <  1:3165613/91‑1 (MQ=255)

                                ttaattaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATttatt                                                            <  1:229706/91‑1 (MQ=255)

                                ttaattaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGGTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATttatt                                                            >  1:188046/1‑91 (MQ=255)

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                                    ttaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCa                                                        <  1:68334/91‑1 (MQ=255)

                                     tataAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCat                                                       <  1:3701416/91‑1 (MQ=255)

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                                       taAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCatat                                                     >  1:1053042/1‑91 (MQ=255)

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                                         aaaaaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATAttt                                                   >  1:1191621/1‑91 (MQ=255)

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                                           aaaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAg                                                 >  1:549985/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                          cGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTg  <  1:2099301/91‑1 (MQ=255)

GCTATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTG  >  USA300TCH1516_ALE/346260‑346440

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`