BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	346,353	A→T	5.2%	V56V (GTA→GTT)	sotB →	sugar efflux transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	346,353	0	A	T	5.2%	607.5 / 18.2	172	V56V (GTA→GTT)	sotB	sugar efflux transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/97); new base T (5/4); total (71/101)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01

Only 100 of 178 total aligned reads displayed.

ATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGT  >  USA300TCH1516_ALE/346263‑346443

aTTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTa                                                                                            <  1:1522468/91‑1 (MQ=255)

    ggTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaa                                                                                        <  1:2988455/91‑1 (MQ=255)

     gTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaat                                                                                       >  1:3140475/1‑91 (MQ=255)

      tATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaata                                                                                      <  1:1101338/91‑1 (MQ=255)

      tATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaata                                                                                      <  1:1758960/91‑1 (MQ=255)

       aTTGTAAGTATTGGTTGTAGTATTAATTATAAAAAAGACGATGGTGAAAAAGGTTCGATGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACgataa                                                                                     <  1:4150240/91‑1 (MQ=255)

       aTTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaataa                                                                                     <  1:1651251/91‑1 (MQ=255)

        ttGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaataat                                                                                    <  1:2249550/91‑1 (MQ=255)

        ttGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaataat                                                                                    <  1:1471307/91‑1 (MQ=255)

        ttGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaataat                                                                                    <  1:1079279/91‑1 (MQ=255)

         tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACGATAAtt                                                                                   <  1:1511750/91‑1 (MQ=255)

          ggAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTg                                                                                  <  1:2004137/91‑1 (MQ=255)

            aaGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCt                                                                                <  1:2657193/91‑1 (MQ=255)

            aaGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCt                                                                                >  1:1541451/1‑91 (MQ=255)

             aGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCtt                                                                               <  1:2840638/91‑1 (MQ=255)

             aGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCtt                                                                               <  1:923861/91‑1 (MQ=255)

                 ttgtttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGt                                                                           <  1:958383/91‑1 (MQ=255)

                 ttgtttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGt                                                                           >  1:2182377/1‑91 (MQ=255)

                 ttgtttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGt                                                                           >  1:1487199/1‑91 (MQ=255)

                   gtttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTG‑AAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGtttt                                                                        <  1:3990664/91‑1 (MQ=255)

                    tttgtAGTATTATTTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGtttt                                                                        >  1:3183358/1‑91 (MQ=255)

                    tttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGtttt                                                                        >  1:655948/1‑91 (MQ=255)

                     ttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTa                                                                       <  1:1380191/91‑1 (MQ=255)

                      tgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTaa                                                                      >  1:1131761/1‑91 (MQ=255)

                      tgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTaa                                                                      >  1:209438/1‑91 (MQ=255)

                       gtagtaTTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTaaa                                                                     >  1:2937928/1‑91 (MQ=255)

                         agtaTTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAAtt                                                                   >  1:889020/1‑91 (MQ=255)

                          gtaTTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAAttt                                                                  >  1:2228848/1‑91 (MQ=255)

                          gtaTTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAAttt                                                                  <  1:2095009/91‑1 (MQ=255)

                            attaattaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATttat                                                                >  1:2822892/1‑91 (MQ=255)

                             ttaattaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATttatt                                                               <  1:3165613/91‑1 (MQ=255)

                             ttaattaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATttatt                                                               <  1:229706/91‑1 (MQ=255)

                             ttaattaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGGTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATttatt                                                               >  1:188046/1‑91 (MQ=255)

                                   ataAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATGGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCata                                                         <  1:4142026/91‑1 (MQ=255)

                                    taAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCatat                                                        >  1:1053042/1‑91 (MQ=255)

                                      aaaaaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCACTTATCGTAACAATAATCGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATAttt                                                      >  1:3333229/1‑91 (MQ=255)

                                      aaaaaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATAttt                                                      >  1:4012854/1‑91 (MQ=255)

                                      aaaaaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATAttt                                                      >  1:1191621/1‑91 (MQ=255)

                                        aaaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAg                                                    <  1:3644500/91‑1 (MQ=255)

                                        aaaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAg                                                    >  1:549985/1‑91 (MQ=255)

                                         aaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAgg                                                   >  1:1535795/1‑91 (MQ=255)

                                         aaTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAgg                                                   >  1:1723317/1‑91 (MQ=255)

                                          aTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGt                                                  <  1:1290167/91‑1 (MQ=255)

                                          aTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGt                                                  <  1:3263526/91‑1 (MQ=255)

                                          aTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGt                                                  <  1:2873019/91‑1 (MQ=255)

                                          aTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGt                                                  <  1:2872723/91‑1 (MQ=255)

                                          aTACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGt                                                  >  1:169770/1‑91 (MQ=255)

                                             cGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTa                                               >  1:1452027/1‑91 (MQ=255)

                                              gATGCTGAGAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTaa                                              <  1:4085295/91‑1 (MQ=255)

                                              gATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTaa                                              >  1:3920204/1‑91 (MQ=255)

                                               aTGCTGAAAAAGGTTCGACGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCCTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAg                                             >  1:1372134/1‑91 (MQ=255)

                                               aTGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAg                                             >  1:730565/1‑91 (MQ=255)

                                                 gCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGAt                                           >  1:3593574/1‑91 (MQ=255)

                                                     aaaaaGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGt                                       <  1:1939270/91‑1 (MQ=255)

                                                      aaaaGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTa                                      <  1:2679989/91‑1 (MQ=255)

                                                       aaaGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTaa                                     >  1:2618564/1‑91 (MQ=255)

                                                        aaGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTaaa                                    >  1:917319/1‑91 (MQ=255)

                                                          ggTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAAc                                  <  1:696993/91‑1 (MQ=255)

                                                            ttCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGa                                <  1:3611299/91‑1 (MQ=255)

                                                            ttCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGa                                >  1:1409120/1‑91 (MQ=255)

                                                            ttCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGa                                >  1:1312218/1‑91 (MQ=255)

                                                             tCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGaa                               <  1:3271511/91‑1 (MQ=255)

                                                             tCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGaa                               <  1:258679/91‑1 (MQ=255)

                                                               gAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAAtt                             <  1:768019/91‑1 (MQ=255)

                                                                  gTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTga                          <  1:3970295/91‑1 (MQ=255)

                                                                    tATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTgaag                        <  1:1193858/91‑1 (MQ=255)

                                                                     attgcaaattgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTgaaga                       <  1:2307618/91‑1 (MQ=255)

                                                                     attgcaaattgcaaTTATCGTAACAATAAGTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTgaaga                       <  1:2306777/91‑1 (MQ=255)

                                                                      ttgcaaattgcaaTTATCGTACCCATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTAGTAGCATATTTAGGTTGAAGATAAGTAAAACGAAGTTgaagag                      >  1:2877896/1‑90 (MQ=255)

                                                                      ttgcaaattgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTgaagaa                      <  1:3117896/91‑1 (MQ=255)

                                                                      ttgcaaattgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTgaagaa                      <  1:2721990/91‑1 (MQ=255)

                                                                        gcaatttgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGc                    >  1:2984053/1‑91 (MQ=255)

                                                                        gcaaattgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGc                    >  1:3358859/1‑91 (MQ=255)

                                                                         caatttgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCa                   >  1:3070419/5‑91 (MQ=255)

                                                                         caaattgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCa                   <  1:462690/91‑1 (MQ=255)

                                                                            attgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTa                >  1:1177945/1‑91 (MQ=255)

                                                                             ttgcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTaa               <  1:501450/91‑1 (MQ=255)

                                                                               gcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGc             >  1:698006/1‑91 (MQ=255)

                                                                               gcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGc             <  1:1784895/91‑1 (MQ=255)

                                                                               gcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGc             <  1:3583685/91‑1 (MQ=255)

                                                                               gcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGc             <  1:1466627/91‑1 (MQ=255)

                                                                               gcaaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGc             <  1:2752509/91‑1 (MQ=255)

                                                                                caaTTATTGTTACGATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCg            >  1:3812546/1‑91 (MQ=38)

                                                                                caaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCGTATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCg            >  1:4100841/1‑91 (MQ=255)

                                                                                caaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCg            <  1:3654876/91‑1 (MQ=255)

                                                                                caaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCg            <  1:2529273/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 aaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGa           <  1:1534703/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 aaTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGa           >  1:306686/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  aTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGAc          <  1:3777342/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  aTTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGAc          >  1:3700333/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   ttATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACa         >  1:44547/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   ttATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACa         <  1:3694431/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    tATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACAt        <  1:3157942/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     aTCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACAtt       <  1:2421907/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACAttt      <  1:1899869/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        gTAGCAATAATTGCTTTTGGTTTAAATTTAGTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTgg    <  1:1611210/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         tAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTggg   <  1:595088/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         tAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTggg   <  1:2468055/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          aaCAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGgt  >  1:3882028/1‑91 (MQ=255)

                                                                                          aaCAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGgt  <  1:636409/91‑1 (MQ=255)

ATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGT  >  USA300TCH1516_ALE/346263‑346443

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`