BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	346,356	0	A	G	5.0%	536.5 / 12.4	160	T57T (ACA→ACG)	sotB	sugar efflux transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/88); new base G (5/3); total (69/91)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01

Only 100 of 176 total aligned reads displayed.

GGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGTGT  >  USA300TCH1516_ALE/346267‑346445

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 gTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaat                                                                                         >  1:3140475/1‑91 (MQ=255)

  tATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaata                                                                                        <  1:1101338/91‑1 (MQ=255)

  tATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaata                                                                                        <  1:368018/91‑1 (MQ=255)

  tATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaata                                                                                        >  1:2536014/1‑91 (MQ=255)

   aTTGTAAGTATTGGTTGTAGTATTAATTATAAAAAAGACGATGGTGAAAAAGGTTCGATGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACgataa                                                                                       <  1:4150240/91‑1 (MQ=255)

    ttGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaataat                                                                                      <  1:1079279/91‑1 (MQ=255)

    ttGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaataat                                                                                      <  1:2249236/91‑1 (MQ=255)

     tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAAtt                                                                                     <  1:1444821/91‑1 (MQ=255)

      ggAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTg                                                                                    <  1:1794017/91‑1 (MQ=255)

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        aaGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCt                                                                                  <  1:2657193/91‑1 (MQ=255)

         aGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCtt                                                                                 <  1:2840638/91‑1 (MQ=255)

         aGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCtt                                                                                 <  1:923861/91‑1 (MQ=255)

          gTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACGATAATTGcaat                                                                                <  1:1944589/91‑4 (MQ=38)

            aTTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTg                                                                              >  1:2282588/1‑91 (MQ=255)

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                     agtaTTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAAtt                                                                     >  1:889020/1‑91 (MQ=255)

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                             ttaTAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCa                                                             <  1:3998157/91‑1 (MQ=255)

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                                          gATGCTGAGAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTaa                                                <  1:4085295/91‑1 (MQ=255)

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                                                           gAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAAtt                               <  1:221327/91‑1 (MQ=255)

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                                                                                       aCAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGgtg   >  1:1586052/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        cAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGgtgt  >  1:2510340/1‑91 (MQ=255)

GGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGTGT  >  USA300TCH1516_ALE/346267‑346445

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`