| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 372,106 | T→A | 14.7% | intergenic (‑166/‑204) | ylbJ ← / → lip2 | Sporulation integral membrane protein YlbJ/Lipase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 372,106 | 0 | T | A | 14.7% | 376.4 / 48.2 | 128 | intergenic (‑166/‑204) | ylbJ/lip2 | Sporulation integral membrane protein YlbJ/Lipase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/56); new base A (14/5); total (67/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATTTTCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAACACCACAACTAAAAGTGTTTATAAATTATTTGGAAATACACATATTTGTAAATGATTAGTATCGATTTAATATCGTATTATTAA > USA300TCH1516_ALE/372017‑372194 | attTTCATACCACTACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGAtt > 1:3179227/1‑91 (MQ=255) ttttCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTc < 1:3249359/91‑1 (MQ=255) ttttCATACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTc > 1:1658180/1‑91 (MQ=255) aTACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGAATCAacac < 1:287726/91‑1 (MQ=255) tACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAAcacc > 1:2971367/1‑91 (MQ=255) tACCAATACAAATTAACTAATTATATATAGATTGAAACTATATTACTTAATAAAATATTTATCTTAAATGTTGTTGTGTTGATTCAAcacc > 1:2971662/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |