| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 401,404 | G→T | 11.5% | intergenic (‑189/‑52) | USA300HOU_RS01845 ← / → sutR | hypothetical protein/HTH‑type transcriptional regulator SutR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 401,404 | 0 | G | T | 11.5% | 308.8 / 23.4 | 93 | intergenic (‑189/‑52) | USA300HOU_RS01845/sutR | hypothetical protein/HTH‑type transcriptional regulator SutR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/38); new base T (7/4); total (51/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTGATGCGATGTGCGTAATCGATTGAAAGAATTACGAGCACGAGATGGC > USA300TCH1516_ALE/401315‑401494 | aTTATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGt < 1:297760/91‑1 (MQ=255) ttATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGtt > 1:3842044/1‑91 (MQ=255) tATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTg > 1:115783/1‑91 (MQ=255) tATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTg < 1:967899/91‑1 (MQ=255) tATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTg < 1:2342608/91‑1 (MQ=255) aTGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGt > 1:986452/1‑91 (MQ=255) 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atacataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGt > 1:1182941/1‑91 (MQ=255) atacataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGt > 1:2407182/1‑91 (MQ=255) atacataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCACATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGt > 1:3850535/1‑91 (MQ=255) tacataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGtt > 1:3426165/1‑91 (MQ=255) tacataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGtt > 1:2813973/1‑91 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTg > 1:2676062/1‑91 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTg < 1:3711154/91‑1 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTg > 1:1969992/1‑91 (MQ=255) 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ATTATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTGATGCGATGTGCGTAATCGATTGAAAGAATTACGAGCACGAGATGGC > USA300TCH1516_ALE/401315‑401494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |