| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 413,761 | A→T | 5.8% | I166I (ATT→ATA) | metI ← | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 413,761 | 0 | A | T | 5.8% | 361.0 / 10.4 | 103 | I166I (ATT→ATA) | metI | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/48); new base T (2/4); total (51/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CCAATATATTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTGACAATAAGCCTTTAGCTTTACAAAGTTGATAGTATGGCTTTACATCAATAGCAATCATTTGTGGGTTAGATATTGGTTCAATGA > USA300TCH1516_ALE/413672‑413849 | ccAATATATTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATaa < 1:899108/91‑1 (MQ=255) atatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTg > 1:1134217/1‑91 (MQ=255) atatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTg < 1:3766451/91‑1 (MQ=255) atatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTg < 1:2461929/91‑1 (MQ=255) atatatTTCGTGGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTg < 1:2889159/91‑1 (MQ=255) atatatTTCGTCGCTGAATGTAAGACTATATCAGCACCTTCTGCTAGTGGTGTTGAAAGATAAGGTGTTAAAAAAGTATTGTCGATAATTg < 1:3766364/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |