Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 462,826 | T→A | 6.2% | intergenic (+85/+18) | USA300HOU_RS02185 → / ← USA300HOU_RS02190 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 462,826 | 0 | T | A | 6.2% | 450.6 / 15.8 | 130 | intergenic (+85/+18) | USA300HOU_RS02185/USA300HOU_RS02190 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/70); new base A (6/2); total (58/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TAATTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGCATTATTGAATTTATTTTACGTGTTCATATTTTGAAACATCAAAGCCGTCTTGTTTAGCTTTGTTGATAATGTCTTTGATTGAA > USA300TCH1516_ALE/462739‑462916 | taatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTAACa < 1:378474/91‑1 (MQ=255) aatTAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACaa < 1:205943/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAAACAGCTTAATGATGTAATGAAATTTGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAg < 1:3391467/91‑1 (MQ=255) taaataaaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGc > 1:2065193/1‑91 (MQ=255) taaataaaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGc < 1:782804/91‑1 (MQ=255) taaataaaACAGCTTAATGATGTAATGAAATTAGTGAGTTAATCACTGACTTCTACGTCATTGAGCTGTTTTTTGTGCTTTGTTACAAAGc < 1:2131160/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |