Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 536,863 | T→A | 7.9% | intergenic (+56/‑255) | rplY → / → pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 536,863 | 0 | T | A | 7.9% | 439.4 / 21.1 | 127 | intergenic (+56/‑255) | rplY/pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/54); new base A (8/2); total (71/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AAAGCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTACTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTA > USA300TCH1516_ALE/536773‑536952 | aaaGCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTAtt < 1:793557/91‑1 (MQ=255) aGCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTAtttt < 1:299346/91‑1 (MQ=255) aGCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTAtttt < 1:1577351/91‑1 (MQ=255) gCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTa > 1:687255/1‑91 (MQ=255) gCAAAGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTa > 1:1793500/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAat > 1:3958225/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |