| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000731 | 12,017 | C→T | 17.6% | intergenic (+180/+43) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 → / ← USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 12,017 | 0 | C | T | 17.6% | 1260.8 / 232.6 | 515 | intergenic (+180/+43) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (236/188); new base T (62/29); total (298/217) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 518 total aligned reads displayed.
AAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAA > CP000731/11928‑12107 | aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAACAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg > 1:334461/1‑91 (MQ=255) aaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGt > 1:1051206/1‑91 (MQ=255) aaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGt > 1:3168994/1‑91 (MQ=255) agagACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTAc < 1:1983476/91‑1 (MQ=255) agagACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTAc < 1:3584872/91‑1 (MQ=255) gagaCGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTGCGAATTTGTACg < 1:3197435/91‑1 (MQ=255) 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gagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATc < 1:4051860‑M2/82‑1 (MQ=255) gagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATc > 1:289284‑M2/10‑91 (MQ=255) gagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATc < 1:3878750‑M2/82‑1 (MQ=255) gattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCtt < 1:1926909‑M2/84‑1 (MQ=255) gattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCtt < 1:2677566‑M2/84‑1 (MQ=255) attttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTtc < 1:146736‑M2/85‑1 (MQ=255) ttttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTtca < 1:277779‑M2/86‑1 (MQ=255) tttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTtcat < 1:2934917‑M2/87‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |