| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 593,430 | T→A | 10.2% | intergenic (+22/‑115) | rpoC → / → rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 593,430 | 0 | T | A | 10.2% | 456.3 / 34.1 | 137 | intergenic (+22/‑115) | rpoC/rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/53); new base A (6/8); total (76/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ACGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGC > USA300TCH1516_ALE/593341‑593519 | cGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGc > 1:3960625/1‑91 (MQ=255) cGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGc > 1:2140704/1‑91 (MQ=255) gTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCt < 1:3132164/91‑1 (MQ=255) aaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAg > 1:1289177/1‑91 (MQ=255) aaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAg > 1:1289162/1‑91 (MQ=255) aCGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCct > 1:1120780/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCctc > 1:1696921/1‑91 (MQ=255) gAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCctct < 1:3848078/91‑1 (MQ=255) gAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCctct > 1:2695530/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAACAAGAGGCTAAAGCATTAGCctct < 1:2186247/91‑1 (MQ=38) aaaaaaCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCtt < 1:755273/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAACAAGAGGCTAAAGCATTAGCctctg < 1:338485/91‑2 (MQ=38) aaaaCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGt < 1:2575485/91‑1 (MQ=255) aaaaCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGt < 1:1807420/91‑1 (MQ=255) aaaCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGtt > 1:3995957/1‑91 (MQ=255) aaCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAACAAGAGGCTAAAGCATTAGCctctgtta < 1:1615148/91‑5 (MQ=37) aCAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAACAAGAGGCTAAAGCATTAGCCTC‑TGTTAt < 1:3509977/91‑1 (MQ=25) cAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTAtt < 1:2546634/91‑1 (MQ=255) gCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGATTAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTAtttt < 1:3282326/91‑1 (MQ=255) gCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGATTAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTAtttt < 1:3284141/91‑1 (MQ=255) gCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTAtttt < 1:3371187/91‑1 (MQ=255) cTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTAttttt > 1:1100556/1‑91 (MQ=255) aCCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGt < 1:471594/91‑1 (MQ=255) aCCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGt < 1:3607486/91‑1 (MQ=255) aCCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGt < 1:471512/91‑1 (MQ=255) aCCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGt < 1:1503708/91‑1 (MQ=255) ccAGTTGTAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTa < 1:2080086/91‑1 (MQ=255) cAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTaa < 1:4106345/91‑1 (MQ=255) aGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACGGAAGTAGCGGAATAACAAGTGTATAAC‑AGGGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTaaa < 1:659724/91‑1 (MQ=255) tGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAatta > 1:1745287/1‑91 (MQ=255) tGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAatta > 1:1746053/1‑91 (MQ=255) tGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAatta > 1:335948/1‑91 (MQ=255) gCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAattat > 1:3536125/1‑91 (MQ=255) gCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAattat > 1:879655/1‑91 (MQ=255) gAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTg > 1:1067722/1‑91 (MQ=255) aaGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGa > 1:1598844/1‑91 (MQ=255) aaGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGACGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTACGTAAATTATTTGa > 1:4144285/1‑91 (MQ=255) aGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAt > 1:384876/1‑91 (MQ=255) ttGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAttt < 1:3137242/91‑1 (MQ=255) ttGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAttt > 1:974707/1‑91 (MQ=255) ttGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAttt < 1:1259007/91‑1 (MQ=255) ttGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAttt < 1:865035/91‑1 (MQ=255) ttGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAttt < 1:125328/91‑1 (MQ=255) ttGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAttt < 1:223959/91‑1 (MQ=255) ttGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGAttt < 1:2182813/91‑1 (MQ=255) tctcAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGt < 1:4128038/91‑1 (MQ=255) ctcAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGtt > 1:3705044/1‑91 (MQ=255) tcAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTg < 1:1136239/91‑1 (MQ=255) cAAACTGAAGTAACGGGATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGa < 1:421925/91‑1 (MQ=255) cAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGa < 1:847043/91‑1 (MQ=255) cAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGa < 1:420854/91‑1 (MQ=255) aaCTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACg < 1:3409545/91‑1 (MQ=255) aCTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGa > 1:1705290/1‑91 (MQ=255) tGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTAAGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAAt > 1:3325908/1‑91 (MQ=255) gTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATtctc > 1:692073/1‑91 (MQ=255) gTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATtctc > 1:692059/1‑91 (MQ=255) gTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTCGATTTAATGTTGACGAATtctc > 1:1396716/1‑91 (MQ=255) tAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTctct > 1:1697571/1‑91 (MQ=255) tAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTctct > 1:1697572/1‑91 (MQ=255) aaCGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCtt < 1:2427710/91‑1 (MQ=255) aCGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTg > 1:3317543/1‑91 (MQ=255) aCGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTg > 1:3088047/1‑91 (MQ=255) cGGAATAGCAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGt < 1:2064298/91‑1 (MQ=255) aTAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCaa < 1:1482840/91‑1 (MQ=255) tAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAAt > 1:2026251/1‑91 (MQ=255) aaCAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATg > 1:1219988/1‑91 (MQ=255) aaCAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATg > 1:1531869/1‑91 (MQ=255) aaCAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATg > 1:3704039/1‑91 (MQ=255) aaCAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATg < 1:54552/91‑1 (MQ=255) aaCAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATg < 1:54562/91‑1 (MQ=255) cAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGtt < 1:181232/91‑1 (MQ=255) cAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGtt > 1:2348590/1‑91 (MQ=255) gTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAat > 1:3787221/1‑91 (MQ=255) tatataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAata > 1:1062646/1‑91 (MQ=255) tatataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAata > 1:1062645/1‑91 (MQ=255) atataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAatat < 1:2951769/91‑1 (MQ=255) atataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAatat > 1:614144/1‑91 (MQ=255) ataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAatatat < 1:372944/91‑1 (MQ=255) ataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAatatat < 1:1311725/91‑1 (MQ=255) ataAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAatatat > 1:1702548/1‑91 (MQ=255) taAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATAtt > 1:925354/1‑91 (MQ=255) taAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATAtt > 1:3094195/1‑91 (MQ=255) acaagagGCTAAAGCATTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTa > 1:2730213/4‑91 (MQ=39) acaagagGCTAAAGCATTAGCCTC‑TGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTaa > 1:4057146/4‑91 (MQ=37) acaagagGCTAAAGCATTAGCCTC‑TGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTaa > 1:950536/4‑91 (MQ=37) acaagagGCTAAAGCATTAGCCTC‑TGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTCGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTaa > 1:3401462/4‑91 (MQ=37) aC‑AGAGGCTAATGCTTTAGTCTCTTGTTCTTTTTATGTAAATTACTTGACTTAATGTTGCCGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTaa > 1:1200762/1‑91 (MQ=255) c‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTaaa < 1:988574/91‑1 (MQ=255) gagGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAgg < 1:1444905/91‑1 (MQ=255) gagGCTAAAGCATTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAgg > 1:2168516/1‑91 (MQ=255) agGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAACGGt > 1:3736814/1‑91 (MQ=255) agGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGt < 1:87921/91‑1 (MQ=255) agGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGt > 1:3278765/1‑91 (MQ=255) ggCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGtt < 1:396263/91‑1 (MQ=255) cTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGa < 1:2535498/91‑1 (MQ=255) cTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGa > 1:891289/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGAt > 1:1948180/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGAt > 1:1254553/1‑91 (MQ=255) tAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGAt > 1:3456925/1‑91 (MQ=255) aTGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGc > 1:3228664/1‑91 (MQ=255) | ACGTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGC > USA300TCH1516_ALE/593341‑593519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |