| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 593,433 | T→A | 10.4% | intergenic (+25/‑112) | rpoC → / → rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 593,433 | 0 | T | A | 10.4% | 441.1 / 35.5 | 135 | intergenic (+25/‑112) | rpoC/rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/53); new base A (6/8); total (74/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAG > USA300TCH1516_ALE/593343‑593522 | gTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCt < 1:3132164/91‑1 (MQ=255) aaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAg > 1:1289177/1‑91 (MQ=255) aaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAg > 1:1289162/1‑91 (MQ=255) aTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGc > 1:733756/1‑91 (MQ=255) tACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATGTAACAAGAGGCTAAAGCATTAGc < 1:482209/91‑1 (MQ=255) aCGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCct > 1:1120780/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |