| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 597,160 | G→T | 10.8% | intergenic (+110/‑107) | fusA → / → tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 597,160 | 0 | G | T | 10.8% | 304.0 / 22.6 | 92 | intergenic (+110/‑107) | fusA/tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/36); new base T (3/7); total (49/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
TAGCCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATT > USA300TCH1516_ALE/597071‑597246 | tagcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGt > 1:743880/1‑91 (MQ=255) agcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTa < 1:2362541/91‑1 (MQ=255) gcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaa < 1:1491270/91‑1 (MQ=255) gcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaa < 1:3954294/91‑1 (MQ=255) cTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaaaa > 1:428090/1‑91 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTc < 1:2600755/91‑1 (MQ=255) 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tATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCatgat < 1:1979610/91‑1 (MQ=255) atcatcTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCatgatg > 1:2265863/1‑91 (MQ=255) tcTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTga > 1:2655961/1‑91 (MQ=255) tcTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTga > 1:252364/1‑91 (MQ=255) cTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgag < 1:835227/91‑1 (MQ=255) tttATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgaga < 1:2537098/91‑1 (MQ=255) tttATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgaga < 1:3793410/91‑1 (MQ=255) tttATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgaga < 1:3793124/91‑1 (MQ=255) 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taGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACt < 1:261023/91‑1 (MQ=255) taGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACt < 1:2562712/91‑1 (MQ=255) tttGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATc > 1:3427325/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATga > 1:746003/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATga > 1:3369704/1‑91 (MQ=255) ttttGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATgagag < 1:1882387/91‑1 (MQ=255) ttGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGAt > 1:1267600/1‑91 (MQ=255) ttGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGAt < 1:1519940/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |