| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 597,163 | A→C | 11.5% | intergenic (+113/‑104) | fusA → / → tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 597,163 | 0 | A | C | 11.5% | 275.7 / 26.7 | 87 | intergenic (+113/‑104) | fusA/tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/33); new base C (3/7); total (47/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
GCCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAATAG > USA300TCH1516_ALE/597073‑597253 | gcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaa < 1:1491270/91‑1 (MQ=255)gcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaa < 1:3954294/91‑1 (MQ=255) cTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaaaa > 1:428090/1‑91 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTc < 1:2600755/91‑1 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTc < 1:2602340/91‑1 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTc < 1:1907048/91‑1 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTc < 1:1084483/91‑1 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTc > 1:181503/1‑91 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTc > 1:181455/1‑91 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTc < 1:693704/91‑1 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTc < 1:1083408/91‑1 (MQ=255) ttAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCtt < 1:3351473/91‑1 (MQ=255) ttAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCtt < 1:4111387/91‑1 (MQ=255) tAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTCttt < 1:2843201/91‑1 (MQ=255) tAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTCttt < 1:2837211/91‑1 (MQ=255) aaaTACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCttttt < 1:3336413/91‑1 (MQ=255) aaaTACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCttttt > 1:4024661/1‑91 (MQ=255) aaTACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTg < 1:3051450/91‑1 (MQ=255) tACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTCttttataa < 1:3022541/91‑5 (MQ=38) tACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTCttttataa < 1:988794/91‑5 (MQ=38) tACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCa > 1:699770/1‑91 (MQ=255) cAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATc > 1:1496164/1‑91 (MQ=255) cAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATc > 1:3654409/1‑91 (MQ=255) aaGGTGAGCTTAAATGTCAGCTATCATCTTTAAAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCg < 1:3550016/91‑1 (MQ=255) aaGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATCGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCg > 1:4121230/1‑91 (MQ=255) aaGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCg > 1:565342/1‑91 (MQ=255) aaGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCg > 1:2576264/1‑91 (MQ=255) aGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGc > 1:4124144/1‑91 (MQ=255) aGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGc > 1:3152992/1‑91 (MQ=255) tgataGCTTACATTTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCt > 1:1407305/5‑91 (MQ=255) ggTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGTTGTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCt > 1:357044/1‑91 (MQ=255) gTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCta < 1:973811/91‑1 (MQ=255) gTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTAAAGTTTGATTATTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCta > 1:1501470/1‑91 (MQ=255) tGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCtat > 1:541255/1‑91 (MQ=255) aGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTataa > 1:1371433/1‑91 (MQ=255) gCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTataaa > 1:202288/1‑91 (MQ=255) ttAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTataaata > 1:3792586/1‑91 (MQ=255) ttAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTataaata > 1:946112/1‑91 (MQ=255) aaaTGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAaataat > 1:2155155/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAAtt > 1:817193/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAAtt > 1:816383/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTtc > 1:942037/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTtc > 1:942021/1‑91 (MQ=255) gTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTtct < 1:3449151/91‑1 (MQ=255) tAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTtctc < 1:1387032/91‑1 (MQ=255) aaGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCa > 1:3280389/1‑91 (MQ=255) aaGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCa > 1:2907856/1‑91 (MQ=255) aGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCat > 1:3621542/1‑91 (MQ=255) aGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCat > 1:2529041/1‑91 (MQ=255) cTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCatga < 1:2422185/91‑1 (MQ=255) cTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTACATCGCTATAAATAATTTCTCatga > 1:3863555/1‑91 (MQ=255) tATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGTATTGTAAATTTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCatgat < 1:1791663/91‑1 (MQ=255) tATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCatgat < 1:1979610/91‑1 (MQ=255) atcatcTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCatgatg > 1:2265863/1‑91 (MQ=255) tcTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTga > 1:252364/1‑91 (MQ=255) tcTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTga > 1:2655961/1‑91 (MQ=255) cTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgag < 1:835227/91‑1 (MQ=255) tttATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgaga < 1:3793124/91‑1 (MQ=255) tttATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgaga < 1:2537098/91‑1 (MQ=255) tttATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTgaga < 1:3793410/91‑1 (MQ=255) tataGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGaaa < 1:3020830/91‑1 (MQ=255) ataGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAAc < 1:1498336/91‑1 (MQ=255) ataGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAAc < 1:354844/91‑1 (MQ=255) ataGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAAc < 1:77874/91‑1 (MQ=255) ataGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAAc < 1:2106506/91‑1 (MQ=255) taGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAGACt < 1:258786/91‑1 (MQ=255) taGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACt < 1:258774/91‑1 (MQ=255) taGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACt < 1:261290/91‑1 (MQ=255) taGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACt < 1:261023/91‑1 (MQ=255) taGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACt < 1:2562712/91‑1 (MQ=255) tttGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATc > 1:3427325/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATga > 1:3369704/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATga > 1:746003/1‑91 (MQ=255) ttttGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATgagag < 1:1882387/91‑1 (MQ=255) ttGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGAt > 1:1267600/1‑91 (MQ=255) ttGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGAt < 1:3243137/91‑1 (MQ=255) ttGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGAt < 1:1519940/91‑1 (MQ=255) ggTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAAt > 1:1959337/1‑91 (MQ=255) tGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAAttt > 1:3570140/1‑91 (MQ=255) tGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAAttt > 1:675711/1‑91 (MQ=255) tGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAAttt < 1:1893705/91‑1 (MQ=255) gAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCCCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAACTTTa > 1:3451896/1‑91 (MQ=255) aaaGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTAttttt > 1:2602788/1‑91 (MQ=255) aaGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTa > 1:959996/1‑91 (MQ=255) gAATTTTACAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAAt > 1:3634036/1‑91 (MQ=255) gAATTTTACAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAAt > 1:2146579/1‑91 (MQ=255) gAATTTTACAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAAt > 1:140303/1‑91 (MQ=255) gAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAAt < 1:2988832/91‑1 (MQ=255) aaTTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAAtt > 1:2693018/1‑91 (MQ=255) aaTTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAAtt > 1:2692923/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAATa > 1:1981720/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAATa > 1:1979902/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAATa > 1:454092/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAATAg > 1:2853115/1‑91 (MQ=255) | GCCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAATAG > USA300TCH1516_ALE/597073‑597253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |