| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 598,486 | T→C | 13.0% | intergenic (+35/+247) | tuf → / ← yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 598,486 | 0 | T | C | 13.0% | 321.6 / 34.3 | 115 | intergenic (+35/+247) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/51); new base C (2/13); total (51/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCCGTGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATA > USA300TCH1516_ALE/598396‑598576 | tCCGTGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGAt > 1:1069118/1‑91 (MQ=255) gTGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATccc < 1:2789366/91‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATccc < 1:3338252/91‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATccc < 1:1200182/91‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATccc < 1:1216460/91‑1 (MQ=255) tGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCt > 1:2669651/1‑91 (MQ=255) tGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCt > 1:360058/1‑91 (MQ=255) gAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTc < 1:1277738/91‑1 (MQ=255) gAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTc > 1:3572228/1‑91 (MQ=255) aaGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCa > 1:2486779/1‑91 (MQ=255) aaGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCa > 1:3516926/1‑91 (MQ=255) aGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCaa > 1:1983477/1‑91 (MQ=255) aGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCaa > 1:3609374/1‑91 (MQ=255) gTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATc < 1:3940642/91‑1 (MQ=255) gTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGACCCCTcgatt < 1:3821987/91‑5 (MQ=255) gTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGACCCCTcgatt < 1:3822728/91‑5 (MQ=255) tGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCg > 1:530065/1‑91 (MQ=255) gACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAg < 1:2948080/91‑1 (MQ=255) gACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAg > 1:942974/1‑91 (MQ=255) aCGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgg < 1:116252/91‑1 (MQ=255) aCGTACTATAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAAAAGACCCCTCGATTGAgg < 1:2067866/91‑1 (MQ=255) gTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgggg > 1:851052/1‑91 (MQ=255) aCTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTc < 1:1820540/91‑1 (MQ=255) cTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCt > 1:2603588/1‑91 (MQ=255) gTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCtt‑t < 1:2160371/91‑1 (MQ=255) tAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCttct < 1:700312/91‑3 (MQ=25) tAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCttct < 1:24767/91‑3 (MQ=25) agATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCtt‑tttt > 1:2048316/2‑91 (MQ=255) gATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATGTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAGAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCtt‑tttta < 1:3685827/91‑2 (MQ=255) tCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTATATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCtt‑tttttta < 1:3848303/91‑3 (MQ=255) cAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAAGAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAA‑AAGACCCCTCGATTGAGGGATCTT‑CTTTTTAta < 1:2547536/91‑2 (MQ=18) aGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtg < 1:3880914/91‑1 (MQ=255) aGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtg > 1:14042/1‑91 (MQ=255) aGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAA‑AAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTatat < 1:3070988/91‑4 (MQ=18) ggCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgt < 1:2966348/91‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgt < 1:1664921/91‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgt < 1:213168/91‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgt < 1:3810069/91‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgt < 1:2221904/91‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAA‑AAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTatata < 1:1493719/91‑5 (MQ=17) ggCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAA‑AAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTatata < 1:1493879/91‑5 (MQ=17) gCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgtg > 1:1977928/1‑91 (MQ=255) gCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgtg < 1:2527328/91‑1 (MQ=255) gCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAAtgtg > 1:4132047/1‑91 (MQ=255) gttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTa < 1:2687307/91‑1 (MQ=255) gttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTa < 1:2687369/91‑1 (MQ=255) gttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTa < 1:2394658/91‑1 (MQ=255) gttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTa < 1:1923416/91‑1 (MQ=255) ttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTaa < 1:1355860/91‑1 (MQ=255) ttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTaa > 1:3707638/1‑91 (MQ=255) ttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTaa > 1:2260643/1‑91 (MQ=255) ttgttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTaa > 1:2948596/1‑91 (MQ=255) ttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAAtt < 1:3380831/91‑1 (MQ=255) ttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAAtt > 1:4127264/1‑91 (MQ=255) ttACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAAtt < 1:696432/91‑1 (MQ=255) cTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTg > 1:2161660/1‑91 (MQ=255) aaaTCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTaa > 1:878581/1‑91 (MQ=255) aaaTCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTaa > 1:878740/1‑91 (MQ=255) aTCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATg < 1:3139103/91‑1 (MQ=255) cATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGc < 1:1257629/91‑1 (MQ=255) tAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTAt < 1:2733160/91‑1 (MQ=255) tAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTAt < 1:4111331/91‑1 (MQ=255) tAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTAt > 1:1321887/1‑91 (MQ=255) tAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTAt > 1:3607673/1‑91 (MQ=255) taatttctaatttcTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCTCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGa < 1:2973122/91‑1 (MQ=255) aatttctaatttctTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGAt < 1:702355/91‑1 (MQ=255) tctaatttctTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTag < 1:151099/91‑1 (MQ=255) aatttctTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTagaag < 1:493907/91‑1 (MQ=255) aatttctTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTagaag < 1:493467/91‑1 (MQ=255) tttctTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAgaagaa < 1:139600/91‑1 (MQ=255) ctTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACaa > 1:335575/1‑91 (MQ=255) ctTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACaa > 1:2550930/1‑91 (MQ=255) aGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACaataa < 1:2673797/91‑1 (MQ=255) aGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACaataa > 1:2425300/1‑91 (MQ=255) aGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACaataa > 1:1095114/1‑91 (MQ=255) aGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACaataa > 1:1976701/1‑91 (MQ=255) aTTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAAtt < 1:4032462/91‑1 (MQ=255) aTTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAAtt > 1:3264751/1‑91 (MQ=255) tttATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATtga < 1:2223108/91‑1 (MQ=255) tttATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATtga < 1:1057732/91‑1 (MQ=255) atataAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATtgatga > 1:1053856/1‑91 (MQ=255) atataAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATtgatga > 1:4112016/1‑91 (MQ=255) atataAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATtgatga < 1:375750/91‑1 (MQ=255) atataAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATtgatga > 1:1809949/1‑91 (MQ=255) taAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAg > 1:1043604/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAga > 1:3427985/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAgac > 1:3657156/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAgact > 1:3157166/1‑91 (MQ=255) agaagaTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAgactga < 1:2234235/91‑1 (MQ=255) aaaagaCCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAgactg > 1:2478825/3‑91 (MQ=25) gaagaTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAgactgac > 1:430875/1‑91 (MQ=255) aaagaCCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAgactga > 1:1787072/2‑91 (MQ=25) aagaTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAgactgact < 1:2903160/91‑1 (MQ=255) agaTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACta > 1:4120704/1‑91 (MQ=255) gaTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaa > 1:3671001/1‑91 (MQ=255) aTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaat > 1:2738234/1‑91 (MQ=255) aTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaat < 1:2928760/91‑1 (MQ=255) aTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaat > 1:505748/1‑91 (MQ=255) aTCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaat > 1:3585481/1‑91 (MQ=255) tCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACtaata > 1:3426965/1‑91 (MQ=255) | TCCGTGAAGGTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATA > USA300TCH1516_ALE/598396‑598576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |