| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | C→A | 16.5% | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 → | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | 0 | C | A | 16.5% | 271.2 / 42.5 | 91 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/42); new base A (4/11); total (38/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTC > USA300TCH1516_ALE/629591‑629771 | gTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAc > 1:3909475/1‑91 (MQ=255)gTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAc < 1:152986/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACt < 1:1070884/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACt < 1:1070813/91‑1 (MQ=255) aaaaGTATTGGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTa < 1:3968701/91‑1 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGgt > 1:430660/1‑91 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGgt > 1:429702/1‑91 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGgt > 1:2130400/1‑91 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGgt < 1:4130165/91‑1 (MQ=255) gTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGgtg < 1:3656141/91‑1 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCa > 1:3900856/1‑91 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCa > 1:191226/1‑91 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCa > 1:191708/1‑91 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCa > 1:192061/1‑91 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCa > 1:1446143/1‑91 (MQ=255) gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCag > 1:4021588/1‑91 (MQ=255) gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCag > 1:4008689/1‑91 (MQ=255) gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCag < 1:320022/91‑1 (MQ=255) gCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 1:69559/91‑1 (MQ=255) cAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCaga < 1:4119760/91‑1 (MQ=255) cAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCaga < 1:1440200/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCagaaga < 1:3916404/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCagaaga < 1:1991886/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCagaaga < 1:1991981/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCagaaga < 1:2306129/91‑1 (MQ=255) aCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCagaaga < 1:3916109/91‑1 (MQ=255) cATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGCAGAt > 1:3457840/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATg > 1:1759293/1‑91 (MQ=255) aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCAt < 1:1866774/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCAt < 1:3477785/91‑1 (MQ=255) aaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATc < 1:1607193/91‑1 (MQ=255) aaaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATc < 1:1607589/91‑1 (MQ=255) aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCa > 1:3024038/1‑91 (MQ=255) aTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCaa > 1:4112501/1‑91 (MQ=255) ttATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:263940/91‑1 (MQ=255) ttATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:316085/91‑1 (MQ=255) ttATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:315265/91‑1 (MQ=255) ataGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTa < 1:530535/91‑1 (MQ=255) aGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTaaa < 1:419723/91‑1 (MQ=255) gATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAag < 1:1321938/91‑1 (MQ=255) gATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAag < 1:2107296/91‑1 (MQ=255) tGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagca > 1:971867/1‑91 (MQ=255) gCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagcag < 1:1809068/91‑1 (MQ=255) aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCACTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCt < 1:3870899/91‑1 (MQ=255) aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCt < 1:3094123/91‑1 (MQ=255) aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCt < 1:3352931/91‑1 (MQ=255) gCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTa > 1:296416/1‑91 (MQ=255) gCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTa > 1:296889/1‑91 (MQ=255) cTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAt < 1:3571633/91‑1 (MQ=255) gATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:683105/91‑1 (MQ=255) gATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:683118/91‑1 (MQ=255) gAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 1:573307/91‑1 (MQ=255) gAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag > 1:1787322/1‑91 (MQ=255) aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 1:2442336/91‑1 (MQ=255) aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc < 1:1814549/91‑1 (MQ=255) aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGc > 1:1435962/1‑91 (MQ=255) ttAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCa < 1:3401824/91‑1 (MQ=255) tAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCAt > 1:1865321/1‑91 (MQ=255) tAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCAt < 1:2858611/91‑1 (MQ=255) gCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa > 1:3447181/1‑91 (MQ=255) gCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaa < 1:1724589/91‑1 (MQ=255) ccAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa > 1:933035/1‑91 (MQ=255) ccAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa > 1:3258849/1‑91 (MQ=255) cAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa > 1:1461906/1‑91 (MQ=255) gCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaata < 1:2261183/91‑1 (MQ=255) gCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTAGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaata > 1:3589110/1‑91 (MQ=255) cAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataa < 1:2166466/91‑1 (MQ=255) aaTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataat < 1:1187625/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACa > 1:3384680/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACa < 1:1961228/91‑1 (MQ=255) tttGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAt < 1:726886/91‑1 (MQ=255) tttGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAt > 1:1701026/1‑91 (MQ=255) gcgcGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt < 1:397168/91‑1 (MQ=255) gcgcGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt < 1:1230621/91‑1 (MQ=255) gcgcGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACt < 1:1305911/91‑1 (MQ=255) cgcgGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTa > 1:2329937/1‑91 (MQ=255) ggATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGtt > 1:4020472/1‑91 (MQ=255) aaTTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATg < 1:841590/91‑1 (MQ=255) aaTTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATg < 1:2368095/91‑1 (MQ=255) aTTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGa < 1:1704321/91‑1 (MQ=255) aTTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGa < 1:1301736/91‑1 (MQ=255) aTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGa < 1:2812148/91‑1 (MQ=255) ttACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGAt > 1:1412351/1‑91 (MQ=255) aCAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTg > 1:1845301/1‑91 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTg > 1:29686/1‑91 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTg > 1:29489/1‑91 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTg > 1:3380484/1‑91 (MQ=255) tACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGt < 1:1720278/91‑1 (MQ=255) aCTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTTTTGAAGAAGCTCACAAAAATAATAAACGATTACTAGTTGATATGATTACTGtt > 1:3863285/1‑91 (MQ=255) aCTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTCTTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACTATTACTAGTTGATATGATTTCTGtt > 1:3865594/1‑91 (MQ=255) aCTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGtt > 1:3799196/1‑91 (MQ=255) aCTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGtt < 1:1859185/91‑1 (MQ=255) aCTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGtt > 1:256550/1‑91 (MQ=255) cTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTc < 1:544986/91‑1 (MQ=255) cTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTc > 1:1625767/1‑91 (MQ=255) cTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTc < 1:2152444/91‑1 (MQ=255) | GTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTC > USA300TCH1516_ALE/629591‑629771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |