Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 631,535 | G→A | 12.2% | intergenic (+161/‑341) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 631,535 | 0 | G | A | 12.2% | 377.1 / 34.9 | 131 | intergenic (+161/‑341) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/59); new base A (8/8); total (64/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCA > USA300TCH1516_ALE/631446‑631624 | tCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGt > 1:4013779/1‑91 (MQ=255) tCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGt > 1:586754/1‑91 (MQ=255) cGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTa > 1:1905659/1‑91 (MQ=255) gCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTaa > 1:2263400/1‑91 (MQ=255) tAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaat > 1:906583/1‑91 (MQ=255) tAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaat < 1:1737361/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaata > 1:3552725/1‑91 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaata < 1:3415072/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:92409/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:2209248/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:2209085/91‑1 (MQ=255) gATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaataa > 1:2504153/1‑91 (MQ=255) ttAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaataaat < 1:3738551/91‑1 (MQ=255) gAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTaaa < 1:2916317/91‑1 (MQ=255) gAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTaaa > 1:66689/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAg < 1:159222/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAg < 1:157842/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGt > 1:202507/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGt < 1:2213726/91‑1 (MQ=255) tttAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTa < 1:1608232/91‑1 (MQ=255) tAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAAt > 1:1730088/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATg > 1:2330357/1‑91 (MQ=255) ataaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACa < 1:415622/91‑1 (MQ=255) taaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaa < 1:3424864/91‑1 (MQ=255) aaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaaa > 1:3889229/1‑91 (MQ=255) aaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaaa > 1:3889147/1‑91 (MQ=255) aaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaaa < 1:801952/91‑1 (MQ=255) atatTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGt < 1:1981789/91‑1 (MQ=255) atttattAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTa > 1:3402030/1‑91 (MQ=255) tttattAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTAt > 1:2331215/1‑91 (MQ=255) tttattAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTAt > 1:2331787/1‑91 (MQ=255) ttattaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTAtt > 1:3152959/1‑91 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2472297/91‑1 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2786331/91‑1 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2472405/91‑1 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa > 1:261941/1‑91 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2784944/91‑1 (MQ=255) taAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAg < 1:39423/91‑1 (MQ=255) taAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAg < 1:660157/91‑1 (MQ=255) aaCATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTa > 1:746549/1‑91 (MQ=255) aCATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTaa > 1:1060081/1‑91 (MQ=255) ttATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAAtt > 1:2496218/1‑91 (MQ=255) tATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTg > 1:741000/1‑91 (MQ=255) tATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTg > 1:741162/1‑91 (MQ=255) tATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTg > 1:2317200/1‑91 (MQ=255) tATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTg < 1:777472/91‑1 (MQ=255) 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atttatttTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGAt < 1:1893041/91‑1 (MQ=255) atttatttTTACAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGAt > 1:3412804/1‑91 (MQ=255) atttatttTTACAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGAt > 1:1917581/1‑91 (MQ=255) tttatttTTACAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATa > 1:3331128/1‑91 (MQ=255) tttatttTTACAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATa > 1:1945249/1‑91 (MQ=255) tttatttTTACAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATa > 1:4134213/1‑91 (MQ=255) ttatttTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAg > 1:1845958/1‑91 (MQ=255) tatttTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGc < 1:4000302/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |