Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 631,536 | T→C | 12.4% | intergenic (+162/‑340) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 631,536 | 0 | T | C | 12.4% | 360.7 / 36.4 | 129 | intergenic (+162/‑340) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/59); new base C (8/8); total (62/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACT > USA300TCH1516_ALE/631446‑631626 | tCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGt > 1:4013779/1‑91 (MQ=255) tCGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGt > 1:586754/1‑91 (MQ=255) cGCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTa > 1:1905659/1‑91 (MQ=255) gCTTTAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTaa > 1:2263400/1‑91 (MQ=255) tAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaat > 1:906583/1‑91 (MQ=255) tAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaat < 1:3411810/91‑1 (MQ=255) tAGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaat < 1:1737361/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaata < 1:3415072/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:92409/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:2209248/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:2209085/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:2207449/91‑1 (MQ=255) aGATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTACAAaaata < 1:1788762/91‑1 (MQ=255) gATTAGGAATTTAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAaaataa > 1:3472141/1‑91 (MQ=255) 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tAAAATAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAAt > 1:1730088/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAATATTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATg > 1:2330357/1‑91 (MQ=255) ataaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACa < 1:415622/91‑1 (MQ=255) taaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaa < 1:3424864/91‑1 (MQ=255) aaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaaa < 1:801952/91‑1 (MQ=255) aaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaaa > 1:3889147/1‑91 (MQ=255) aaataTTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACaaa > 1:3889229/1‑91 (MQ=255) atatTTATTAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGt < 1:1981789/91‑1 (MQ=255) atttattAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTa > 1:3402030/1‑91 (MQ=255) tttattAAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTAt > 1:2331215/1‑91 (MQ=255) ttattaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTAtt > 1:3152959/1‑91 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2786331/91‑1 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa > 1:261941/1‑91 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2784944/91‑1 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2472297/91‑1 (MQ=255) ttaAACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGaa < 1:2472405/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |