BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	707,911	C→T	7.5%	intergenic (‑2/‑120)	znuC_1 ← / → ideR	High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	707,911	0	C	T	7.5%	346.3 / 13.2	107	intergenic (‑2/‑120)	znuC_1/ideR	High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/49); new base T (2/6); total (52/55)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01

Only 100 of 112 total aligned reads displayed.

TTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATAT  >  USA300TCH1516_ALE/707823‑708001

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ttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGt                                                                                          >  1:3025118/1‑91 (MQ=255)

   gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTta                                                                                       >  1:800274/1‑91 (MQ=255)

   gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTta                                                                                       >  1:799973/1‑91 (MQ=255)

   gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTta                                                                                       <  1:2727353/91‑1 (MQ=255)

     cgcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTtata                                                                                     <  1:1924811/91‑1 (MQ=255)

      gcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCT‑AAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAcc                                                                                   >  1:652572/1‑91 (MQ=255)

        gTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAcct                                                                                  <  1:932251/91‑1 (MQ=255)

         tACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcctc                                                                                 <  1:3421957/91‑1 (MQ=255)

         tACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcctc                                                                                 <  1:3421988/91‑1 (MQ=255)

          aCTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAcctcc                                                                                >  1:732105/1‑91 (MQ=255)

           cTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcctcct                                                                               <  1:786568/91‑1 (MQ=255)

             ggTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTaa                                                                             >  1:2566257/1‑91 (MQ=255)

                aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTa                                                                          <  1:2827106/91‑1 (MQ=255)

                aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTa                                                                          <  1:3816592/91‑1 (MQ=255)

                   gATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaaaa                                                                       <  1:3802917/91‑1 (MQ=255)

                   gATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTaaaa                                                                       >  1:2899124/1‑91 (MQ=255)

                      aaGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt                                                                    <  1:2533487/91‑1 (MQ=255)

                       aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt                                                                   >  1:2618009/1‑91 (MQ=255)

                       aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt                                                                   >  1:2617200/1‑91 (MQ=255)

                       aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTGAAAGttt                                                                   >  1:2066043/1‑91 (MQ=255)

                        ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa                                                                  >  1:3656839/1‑91 (MQ=255)

                        ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTa                                                                  >  1:3656891/1‑91 (MQ=255)

                           aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc                                                               <  1:16075/91‑1 (MQ=255)

                           aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc                                                               <  1:749459/91‑1 (MQ=255)

                            aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCt                                                              <  1:520781/91‑1 (MQ=255)

                             tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTa                                                             >  1:1635846/1‑91 (MQ=255)

                             tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTa                                                             >  1:2526289/1‑91 (MQ=255)

                             tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTa                                                             >  1:2526272/1‑91 (MQ=255)

                               tttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc                                                           <  1:2492563/91‑1 (MQ=255)

                               tttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAc                                                           <  1:2492564/91‑1 (MQ=255)

                                ttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc                                                          <  1:1659496/91‑1 (MQ=255)

                                 tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt                                                         >  1:3304470/1‑91 (MQ=255)

                                 tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                                                        <  1:2699397/91‑1 (MQ=255)

                                  ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                                                        >  1:940471/1‑91 (MQ=255)

                                   tAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa                                                       <  1:2623381/91‑1 (MQ=255)

                                   tAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa                                                       <  1:2625658/91‑1 (MQ=255)

                                    aaGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaat                                                      >  1:3568052/1‑91 (MQ=255)

                                     aGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatt                                                     >  1:710434/1‑91 (MQ=255)

                                      gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaatta                                                    <  1:2931120/91‑1 (MQ=255)

                                        aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaat                                                  >  1:3419223/1‑91 (MQ=255)

                                        aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaat                                                  >  1:1225112/1‑91 (MQ=255)

                                        aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaat                                                  >  1:1409018/1‑91 (MQ=255)

                                          aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg                                                <  1:2857600/91‑1 (MQ=255)

                                          aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg                                                <  1:42507/91‑1 (MQ=255)

                                          aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg                                                >  1:3841786/1‑91 (MQ=255)

                                          aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg                                                <  1:3210908/91‑1 (MQ=255)

                                             cTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat                                             <  1:2054982/91‑1 (MQ=255)

                                               tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataa                                           <  1:2142278/91‑1 (MQ=255)

                                               tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataa                                           <  1:1732646/91‑1 (MQ=255)

                                               tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataa                                           >  1:636995/1‑91 (MQ=255)

                                                attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataat                                          <  1:3379450/91‑1 (MQ=255)

                                                attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataat                                          >  1:1911256/1‑91 (MQ=255)

                                                 ttaCCTAGAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataata                                         <  1:2070573/91‑1 (MQ=255)

                                                 ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataata                                         >  1:1682593/1‑91 (MQ=255)

                                                   aCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa                                       >  1:4097570/1‑91 (MQ=255)

                                                    ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATCATAAAc                                      >  1:62398/1‑91 (MQ=255)

                                                     cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt                                     >  1:2782275/1‑91 (MQ=255)

                                                     cTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt                                     <  1:3021727/91‑1 (MQ=255)

                                                      tAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg                                    <  1:787796/91‑1 (MQ=255)

                                                      tAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg                                    >  1:2111112/1‑91 (MQ=255)

                                                       aaaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTga                                   <  1:2295586/91‑1 (MQ=255)

                                                        aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgag                                  <  1:3886309/91‑1 (MQ=255)

                                                        aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgag                                  >  1:1102369/1‑91 (MQ=255)

                                                        aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgag                                  >  1:1102406/1‑91 (MQ=255)

                                                         aaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgaga                                 <  1:910304/91‑1 (MQ=255)

                                                             aGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAatat                             >  1:159439/1‑91 (MQ=255)

                                                              gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                            >  1:942268/1‑91 (MQ=255)

                                                              gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                            >  1:942147/1‑91 (MQ=255)

                                                              gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                            <  1:1259105/91‑1 (MQ=255)

                                                              gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                            >  1:2673126/1‑91 (MQ=255)

                                                               aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAttt                           >  1:970004/1‑91 (MQ=255)

                                                                tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa                          <  1:1245098/91‑1 (MQ=255)

                                                                tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa                          <  1:4076127/91‑1 (MQ=255)

                                                                tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa                          >  1:3145418/1‑91 (MQ=255)

                                                                tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa                          >  1:3277641/1‑91 (MQ=255)

                                                                tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa                          <  1:1476240/91‑1 (MQ=255)

                                                                 ttAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt                         <  1:1327523/91‑1 (MQ=255)

                                                                 ttAAATCTTTTGTTTCTAACAAATGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt                         <  1:1327522/91‑1 (MQ=255)

                                                                     aTCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATg                     <  1:165616/91‑1 (MQ=255)

                                                                      tCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGt                    <  1:343398/91‑1 (MQ=255)

                                                                        ttttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCa                  <  1:3244955/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tttGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa                 >  1:3099497/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa                 >  1:85683/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa                 <  1:68689/91‑1 (MQ=255)

                                                                          ttGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTACTTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg                <  1:3323444/91‑1 (MQ=255)

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                                                                                        cGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat  <  1:3808554/91‑1 (MQ=255)

TTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATAT  >  USA300TCH1516_ALE/707823‑708001

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`