Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 756,705 | T→A | 6.4% | intergenic (‑193/‑20) | uppP ← / → cydD | Undecaprenyl‑diphosphatase/ATP‑binding/permease protein CydD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 756,705 | 0 | T | A | 6.4% | 482.9 / 15.2 | 141 | intergenic (‑193/‑20) | uppP/cydD | Undecaprenyl‑diphosphatase/ATP‑binding/permease protein CydD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/61); new base A (7/2); total (78/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TAAAGATGTATATATTCATTTTCTTTTACATGTAAAACTACAATATTTTATTGAGCTATTTAATTTGATTTTAAGGAAAACCTTTTATAATAGGTTTAGGTGATATAATTGTGAAAAAATTAACAACAATACTGTTTCAATATAAAATTTTTCCGGTACTCATGTTCTTGGTCAGTACTGG > USA300TCH1516_ALE/756615‑756795 | tAAAGATGTATATATTCATTTTCTTTTACATGTAAAACTACAATATTTTATTGAGCTATTTAATTTGATTTTAAGGAAAACCTTTTataat > 1:470043/1‑91 (MQ=255) aaaGATGTATATATTCATTTTCTTTTACATGTAAAACTACAATATTTTATTGAGCTATTTAATTTGATTTTAAGGAAAACCTTTTataata < 1:1945470/91‑1 (MQ=255) gATGTATATATTCATTTTCTTTTACATGTAAAACTACAATATTTTATTGAGCTATTTAATTTGATTTTAAGGAAAACCTTTTATAATAGGt > 1:3417946/1‑91 (MQ=255) gATGTATATATTCATTTTCTTTTACATGTAAAACTACAATATTTTATTGAGCTATTTAATTTGATTTTAAGGAAAACCTTTTATAATAGGt > 1:3417911/1‑91 (MQ=255) gATGTATATATTCATTTTCTTTTACATGTAAAACTACAATATTTTATTGAGCTATTTAATTTGATTTTAAGGAAAACCTTTTATAATAGGt > 1:1504644/1‑91 (MQ=255) aTGTATATATTCATTTTCTTTTACATGTAAAACTACAATATTTTATTGAGCTATTTAATTTGATTTTAAGGAAAACCTTTTATAATAGGtt < 1:1169445/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |