| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 396,540 | G→A | A208T (GCA→ACA) | efeM → | putative iron uptake system component EfeM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 396,540 | 0 | G | A | 98.0% | 357.8 / ‑1.7 | 101 | A208T (GCA→ACA) | efeM | putative iron uptake system component EfeM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (57/42); total (58/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATA > USA300TCH1516_ALE/396453‑396624 | aaTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCacac < 1:2926776/91‑1 (MQ=255)aaTGAAGTTGCAACTTCAAAAAGCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCacac < 1:2619609/91‑1 (MQ=255) tGAAGATGCAACTTCTAAAATCACACGTGAAGAAGAAATGTATTCACATACAGGTTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaa < 1:3440554/91‑1 (MQ=255) gAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaa > 1:1594248/1‑91 (MQ=255) aGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaaa > 1:1232048/1‑91 (MQ=255) aGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACaaaaa > 1:464257/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |