| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,470,111 | G→A | 50.0% | S575L (TCA→TTA) | emrB ← | Multidrug export protein EmrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,470,111 | 0 | G | A | 50.0% | ‑4.0 / 34.5 | 26 | S575L (TCA→TTA) | emrB | Multidrug export protein EmrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/7); new base A (3/10); total (9/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAAATTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2469984‑2470245 | tAAAATTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATg < 1:554914/141‑1 (MQ=255) tAAGTCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATg < 1:29924/141‑1 (MQ=255) ggCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATc > 1:67189/1‑141 (MQ=255) tAAATATCGTTGTAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAATTTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATAGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAg < 1:397480/141‑1 (MQ=255) aaaTATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAgg < 1:238780/141‑1 (MQ=255) tcatcatTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTcc < 1:519237/140‑1 (MQ=255) gCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGACTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGTATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTcc < 1:387111/141‑1 (MQ=255) tAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAg > 1:483282/1‑141 (MQ=255) aTACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCt < 1:509528/141‑1 (MQ=255) tACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAATACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTg < 1:27052/141‑1 (MQ=255) ttGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTtgtg > 1:209224/1‑141 (MQ=255) tttatttaCAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAATAGCTGATAAGTGTTGTGTTGTTtg > 1:355532/1‑141 (MQ=255) tatttaCAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTtgtg < 1:53616/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCAt > 1:499249/1‑141 (MQ=255) taACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCCTTACAGTagc > 1:222093/1‑139 (MQ=255) cTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGa > 1:176788/1‑141 (MQ=255) cTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGa < 1:161455/141‑1 (MQ=255) cTTTCATTGCGCCTTCTTGGCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGa < 1:193472/141‑1 (MQ=255) tttCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAACGCGGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGAt < 1:325410/141‑1 (MQ=255) aTTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGGTAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTAGAGTAACTAAGATTGCt > 1:485118/1‑141 (MQ=255) tGCCCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTGCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGt < 1:429523/141‑1 (MQ=255) gcgcCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTa > 1:570942/1‑141 (MQ=255) gcCTTCTTGTCCGCCATATTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTAcc < 1:370380/141‑1 (MQ=255) ttcttGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCtat < 1:67773/141‑1 (MQ=255) tatTGTAATGCTAATTGCTGCATTTGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAAt < 1:416357/141‑1 (MQ=255) tatTGTAATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTTTTCTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAAt < 1:416515/141‑1 (MQ=255) | TAAAATTAAGGCGATGATGCTAAATATCGTTGCAACTATAAATGCATCATTAATACCTTCAACCGTTGCTAGTTTATTTACAAATTGTAGTAACACTTTCATTGCGCCTTCTTGTCCGCCATATTGTGATGCTAATTCATGCATATGATCTTGTACAACAGGATTCGTTTTATCTAACTCTTCCCCAAAAGCTGATAAGTGTTGTGTAGTTTGTGTTGTCATTACAGTAACTAAGATTGCTGTACCTATAGAGCCTGCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2469984‑2470245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |