| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 38 (1.150) | 29 (1.350) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
22/168 | NT | 55.3% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2176447 = | 34 (1.030) | intergenic (+209/+5086) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly | |||||
TACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATT > USA300TCH1516_ALE/2176311‑2176585 | tACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGcc > 1:737237/1‑140 (MQ=255) catattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttctcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTgg < 1:515281‑M2/7‑1 (MQ=255) ttCTCGTTTCGTCAGATTTAAACGTTTTCCTTTCGCCATGCTTTCTTTTTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACTTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCa < 1:208193/140‑1 (MQ=14) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAGGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTGTCAATGCGGCTCATCGCACCCACTTTTTGCCTGGCaa > 1:238381/1‑140 (MQ=255) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAACCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAAAGCGGCTCATCGTCTCCACTTTTTACCTGGcca > 1:216516/1‑138 (MQ=14) ttgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAAc < 1:376222‑M2/11‑1 (MQ=255) ttgtcattaagttttcaatgttcattttttttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGTCAAc < 1:126190‑M2/11‑1 (MQ=255) gtcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTCCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTCCCTGGCAAc < 1:562013/139‑1 (MQ=255) ctgttttCGTCAGATTAAAACGTTTTCACTTCGCCACGCCATCTTTGTTTGTGTTTGCTTTTATATTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 1:602409/136‑1 (MQ=14) ctcGTTTCTTCATATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAATCCATCTTTCTTTTTGTTTGCTTTGATTGTGACGTTTTAGACAGAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCAGCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 1:534208/140‑1 (MQ=14) ctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc > 1:361207/1‑140 (MQ=40) cGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGt > 1:202558/1‑140 (MQ=40) cttCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTAc < 1:448219/138‑1 (MQ=39) cGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGTCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTAc < 1:102103/140‑1 (MQ=255) gttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttatttttgaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTActct < 1:721302‑M2/21‑1 (MQ=255) ttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTa > 1:545267‑M2/119‑140 (MQ=255) ttCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCg < 1:499789/140‑1 (MQ=39) aaCGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 1:543480/1‑140 (MQ=40) ttcatttttcttaccgacacgaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtcaattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt > 1:378942‑M2/110‑140 (MQ=255) ttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 1:83176‑M2/31‑1 (MQ=255) ttttCACTTCGCCAAGACATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATGAAAAAAAAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTaa > 1:380239/1‑140 (MQ=255) ttCACTTCGCCAAGCCATTTTTCTTTTTTTTTGCTTTTATTTTGACTTTTTAGACATAAAAAAAGAAACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt < 1:84004/140‑1 (MQ=11) cACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTAAATACGACTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAATTTc > 1:63902/1‑140 (MQ=255) cttaccgacaagaattaattatacattttctcaacctttaagtcaataactttttttatcttatccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCAGGAAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAATTCGAc > 1:368839‑M2/101‑140 (MQ=255) cttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc > 1:626744‑M2/101‑140 (MQ=255) gCCAAGCCATCTTTTTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:445399/140‑1 (MQ=255) gCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGACCGTAAGTTCGACTAc < 1:569448/140‑1 (MQ=255) ccAAGCCATCTTTCTTTCTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTTCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 1:404963/140‑1 (MQ=255) agaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc > 1:663272‑M2/91‑140 (MQ=255) agaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgataaaaaaacTACCTAGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc > 1:663191‑M2/91‑140 (MQ=255) aTCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATAGAATACACGGTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:332141/140‑1 (MQ=14) ttaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTa > 1:705210‑M2/87‑140 (MQ=255) aattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTACCTAGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCTACTACCATCGACGCTAAg > 1:356233‑M2/85‑140 (MQ=255) atacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:497548‑M2/60‑1 (MQ=255) taccttttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaatcTGCCTTTCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCt < 1:22161‑M2/61‑1 (MQ=255) acattttatcaacatttaagttaataactttttttaacttgtccatttgattttttcaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCtt < 1:61063‑M2/62‑1 (MQ=255) acattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCtt < 1:42099‑M2/62‑1 (MQ=255) ttttatcaacatttaagtcaataacttttcttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc < 1:293766‑M2/65‑1 (MQ=255) ttatcaacatttaagtcaagaactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt > 1:570720‑M2/74‑140 (MQ=255) gCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt < 1:123445/140‑1 (MQ=34) tatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc < 1:4531‑M2/68‑1 (MQ=255) cTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGCACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCATAACTTc < 1:484752/140‑1 (MQ=16) tcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGAAGCTTAACTTCtg > 1:532854‑M2/71‑140 (MQ=255) tttttGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTCCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 1:347751/139‑1 (MQ=17) aTTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt > 1:11497/1‑140 (MQ=32) ttttGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTTTTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGtt < 1:744947/140‑1 (MQ=18) tttGCCGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGGACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTc > 1:13520/1‑140 (MQ=17) aCGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCa > 1:303776/1‑140 (MQ=32) gtcaattactttttttatcttgttcattttattttttaaccacaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATg < 1:299198‑M2/81‑1 (MQ=255) gtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATg < 1:169361‑M2/81‑1 (MQ=255) taatcactttttttatcttgtccattttattttttagtcaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:78963‑M2/83‑1 (MQ=255) aataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACTTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGa > 1:364990‑M2/57‑140 (MQ=255) ataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAACATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTGGGCATGGGaa > 1:265843‑M2/56‑140 (MQ=255) taactttttttatcttgtccattttattttttcaacaacattcgattaataaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAc < 1:518589‑M2/86‑1 (MQ=255) taactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAc < 1:665760‑M2/86‑1 (MQ=255) cttatttcatcttctccatttaatttttaaaccaaaatctgattaaaaaacTGCCTGGCAAGGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAgg < 1:649181‑M2/89‑1 (MQ=255) aTAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:340223/140‑1 (MQ=33) aTAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:27941/140‑1 (MQ=33) aTAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:170165/140‑1 (MQ=34) aTAAAAAAAGAGACCTGGCTGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:670138/140‑1 (MQ=21) aTAAAAAAAGAAACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCTTCGATCCACGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:557345/140‑1 (MQ=11) tttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAACGGAACGTAAGTTCGACTACCAACGACCCTAAAGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAacaggtttta > 1:482909‑M2/47‑136 (MQ=255) ttatctttttcattttattttttaatcaatatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 1:263000‑M2/95‑1 (MQ=255) tatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGTAACAGGTGTGAcc < 1:78730‑M2/96‑1 (MQ=255) atcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTTTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTGCGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 1:718965‑M2/44‑140 (MQ=255) tcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc > 1:758257‑M2/43‑140 (MQ=255) ttcattttattttgtaaccataatgtgattaaaaagcTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:157595‑M2/103‑1 (MQ=255) tccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:421381‑M2/103‑1 (MQ=255) ccTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc > 1:547671/1‑140 (MQ=33) ttGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 1:261559/140‑1 (MQ=32) tttattttttaatcaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 1:664077‑M2/108‑1 (MQ=255) tctcAATGCGGCTCGTCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCa < 1:133687/140‑1 (MQ=17) ttttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc < 1:422007‑M2/112‑1 (MQ=255) ttttaaccaatatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 1:129052‑M2/114‑1 (MQ=255) tttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGATCAACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg > 1:204481‑M2/26‑140 (MQ=255) tttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAAACATATGAATGTAAATTATACAt > 1:516008/1‑140 (MQ=17) ttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGTCGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACAtt < 1:195875/140‑1 (MQ=18) | TACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATT > USA300TCH1516_ALE/2176311‑2176585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |