Predicted mutation
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*	USA300TCH1516_ALE	512,643	0	A	G	48.0%	10.6 / 90.8	73	intergenic (+711/‑6052)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (20/18);  new base G (19/16);  total (39/34)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑