| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | T→G | 100% | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 → | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | 0 | T | G | 100.0% | 125.7 / NA | 39 | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (21/18); total (21/18) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAAGA > USA300TCH1516_ALE/665257‑665527 | caacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTCTATTTACGGTGAAGAATGatat > 1:711320/1‑140 (MQ=255) aacaGTTGATCACTTGTTAGAAGCATCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTCACGGTGAAGAATGATAtt > 1:486681/1‑140 (MQ=255) aacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATAtt > 1:52189/1‑140 (MQ=255) ttGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACAGCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTa < 1:347076/140‑1 (MQ=255) tAGAAGCTTCATATAATGAAGATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTGACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCCCATTCTGtt > 1:537414/1‑140 (MQ=255) gAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTaa < 1:683718/140‑1 (MQ=255) aaGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTaaa > 1:765207/1‑140 (MQ=255) agcatactataATGATAATCATTTAAAGAAAAAACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAAc < 1:132669/133‑1 (MQ=255) aGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAAc < 1:577671/140‑1 (MQ=255) ttCATATAATGAATATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAg < 1:381398/140‑1 (MQ=255) tataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATc > 1:428729/1‑140 (MQ=255) tataATGAACATCACTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAGTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATc > 1:423715/1‑140 (MQ=255) taATGAACATCATTTAAATAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCCTAGTCGGTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGc < 1:155920/140‑1 (MQ=255) aaCATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGCTATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACAt > 1:541325/1‑140 (MQ=255) catTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAgg < 1:508552/140‑1 (MQ=255) catTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAgg < 1:733501/140‑1 (MQ=255) catTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAAGGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAgg < 1:576340/140‑1 (MQ=255) atTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGt < 1:139410/140‑1 (MQ=255) ttAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTa > 1:373082/1‑140 (MQ=255) ttCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTg < 1:703719/140‑1 (MQ=255) tCAAGAACAACTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTTAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTGATGGTACAGCATTGt < 1:570339/140‑1 (MQ=255) cAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGATAAACCAGAATAGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGtt > 1:99988/1‑140 (MQ=255) aaGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGGAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCGCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTa < 1:98144/140‑1 (MQ=255) gAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTGACTTTGTTTACGGTGACGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCANCATATAGGTGATGGTANAGCATTGTTaca > 1:222397/1‑138 (MQ=255) atccTTAGTCGTTTAAGAAGGTAATGACATCGTTGACTTTGCTAACTTTATTTACAGTGAAGAATGATATATAACAGCTCATTATGTTAAACAAGACTCTCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAgaat < 1:25778/137‑4 (MQ=255) tAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCa < 1:7621/140‑1 (MQ=255) tCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGt > 1:280744/1‑140 (MQ=255) gTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGttt > 1:219423/1‑140 (MQ=255) gTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGttt > 1:280072/1‑140 (MQ=255) gaagGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGa < 1:613981/140‑1 (MQ=255) gaagGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGGGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGa > 1:524109/1‑140 (MQ=255) aCATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGaa > 1:343190/1‑140 (MQ=255) tGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATAACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGttt > 1:159639/1‑140 (MQ=255) tGGCTTTACTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGttt > 1:689190/1‑140 (MQ=255) tGGCTTTACTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTAAAGCAATGGTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGgtt > 1:331188/1‑140 (MQ=255) ttttGCTAACTTTATTTACGGTGAATAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACt < 1:269016/139‑1 (MQ=255) aaCTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGt < 1:177989/140‑1 (MQ=255) aagaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaa > 1:366083/1‑140 (MQ=255) gaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAACgaaga > 1:709649/1‑140 (MQ=255) | CAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAAGA > USA300TCH1516_ALE/665257‑665527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |