| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | A→T | 100% | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 98.3% | 69.2 / ‑6.3 | 26 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (7/18); minor base C (0/1); total (7/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACAA > USA300TCH1516_ALE/1513802‑1514066 | gtatgtatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTTCCATGCATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAgg < 1:714084/140‑1 (MQ=255) ttaGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATATTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCatt > 1:107731/1‑140 (MQ=255) gCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTgg < 1:706380/140‑1 (MQ=255) gCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATATCTTTTTCGTATGGTTTGTTTCATTGTATTAGGATTATTAATGCGATTATTTgg < 1:560656/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACACATAATATGTATTATTGTATTAGAATTATTAATTCCATTATTTGGATTATCACTTGTCCTTATATTTATACTTg > 1:1781/1‑140 (MQ=255) aaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTATTAATTGa > 1:429771/1‑140 (MQ=255) cGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACTACATCGCGTAAAAAAACCAGCTTCTATATGTCTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt < 1:267987/140‑1 (MQ=255) aaaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAAtatt < 1:694414/140‑1 (MQ=255) aaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAAtatta < 1:382558/140‑1 (MQ=255) aaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCATTGAATTTATAATTGAATTAAtattat > 1:57754/1‑140 (MQ=255) aaTAAAAGTACCACATCGCGTAAAAATGCCAGCATCTATATCTCTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGCTCATCTCGTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAg < 1:403187/140‑1 (MQ=255) aaTAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAg < 1:753547/140‑1 (MQ=255) acgTACAACATCGCGTAAAAAAACCAGCTTCTATATAAATCATAATATTTTTTATTGTATTAGGATTACTAATGCCATTAAGTGGATTATCACTTATCCTTGTAGTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgt < 1:125816/138‑1 (MQ=255) aCCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTg < 1:765445/140‑1 (MQ=255) aCCAAATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTg < 1:453105/140‑1 (MQ=255) ccAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTa < 1:766039/140‑1 (MQ=255) tCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACt < 1:474752/140‑1 (MQ=255) cTCATAATATGTTTTATCGTATTAGGAATATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGAc < 1:477141/140‑1 (MQ=255) ataataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGTCATTATTTGGATTATCATTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTCTTCTTATACATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGaa < 1:332265/140‑1 (MQ=255) ataataTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGaa < 1:279948/140‑1 (MQ=255) ttttATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATTGTAGTGGTAAATAATAATGAACTTAAAGTTTTGAAATGAAGAAATTTACaa > 1:339229/1‑140 (MQ=255) | GTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACAA > USA300TCH1516_ALE/1513802‑1514066 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |