| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,027,672 | C→A | 100% | G92V (GGC→GTC) | vraS ← | Sensor protein VraS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,027,672 | 0 | C | A | 100.0% | 95.9 / ‑6.5 | 36 | G92V (GGC→GTC) | vraS | Sensor protein VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (23/12); minor base T (0/1); total (23/13) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACT > USA300TCH1516_ALE/2027538‑2027806 | catTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTATATATTTTGATAATTAATGACAACt > 1:719278/1‑140 (MQ=255)catTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTATTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGTTATAAATCTAACGTTTAACTATATATTTCTATATTTTGATAATTAATGACAACt > 1:305765/1‑140 (MQ=255) aTTGGTTAAGTTTTGAGTTTTACGTTGCAATTTATGCAATTCTGGATTTAAAGTTACAAGTGTTTGGTCTCCTGCCAACGTTTCGATTGATAACTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAAc < 1:755534/140‑1 (MQ=255) gAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTc > 1:447207/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ataAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACaata > 1:472510/1‑140 (MQ=255) ataAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGAGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGTTTGATTTTGTAAGCGAGTACCAAATCAACaata > 1:110225/1‑140 (MQ=255) cTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGTACGCTCATTTTGCGTCTTAATACAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAAGGAGTATCTATATAACAATAATgcac > 1:27466/1‑140 (MQ=255) ttCAGTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAataata > 1:520343/1‑140 (MQ=255) tCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTACGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAatat > 1:81828/1‑140 (MQ=255) tttttCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATAtgatgatga < 1:705177/138‑1 (MQ=255) ttttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAAATGGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATAATGAGATTtaaaaa > 1:335169/1‑140 (MQ=255) ttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaata < 1:468926/140‑1 (MQ=255) gATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATCTAATGATGAGATTtaaaaataaa > 1:341642/1‑140 (MQ=255) aTCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaa > 1:546762/1‑140 (MQ=255) tCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaaa > 1:448296/1‑140 (MQ=255) tCATTAAAGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTCATTGATTTTGTAAACGAGTACCGAACCAACAATAATACACAAAAATAAGATGATGAGATTtaaaaataaaaa > 1:30267/1‑140 (MQ=255) cATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATaaaaaa > 1:598934/1‑140 (MQ=255) tAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCAAGTACCAAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACt > 1:111693/1‑140 (MQ=255) | CATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACT > USA300TCH1516_ALE/2027538‑2027806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |