| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,241,539 | T→C | 57.6% | intergenic (‑182/+284) | murA2 ← / ← fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,241,539 | 0 | T | C | 57.6% | 1.0 / 35.2 | 31 | intergenic (‑182/+284) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/5); new base C (9/9); total (17/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.71e-02 | |||||||||||
TAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTT > USA300TCH1516_ALE/2241411‑2241670 | taatttaattTTATTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTc < 1:103354/140‑1 (MQ=255) aattTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATAATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGatta > 1:233532/1‑140 (MQ=255) aCTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAAc > 1:66800/1‑140 (MQ=255) aCTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAAc > 1:601399/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTAACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAatta > 1:69080/1‑140 (MQ=255) ttGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAAt > 1:164805/1‑140 (MQ=255) ttGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAAt > 1:644440/1‑140 (MQ=255) tCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTATTATATGCTGTTCTTCCCCAATTGACCACGGTCTAAATTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCt < 1:407784/140‑1 (MQ=255) tCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCt < 1:85352/140‑1 (MQ=255) gattgattAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGt < 1:39302/140‑1 (MQ=255) tgattAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTTACGTaaa > 1:728925/1‑140 (MQ=255) taaCAAATCATTCATCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACcttttt < 1:25852/140‑1 (MQ=255) tCATTCACCGTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTGGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATaact > 1:561507/1‑138 (MQ=255) cATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAATTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAAtt > 1:99515/1‑140 (MQ=255) ttCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGCTTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGc > 1:118303/1‑140 (MQ=255) cTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCAACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTGAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCAtt < 1:636315/140‑1 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1:577866/140‑1 (MQ=255) ccccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCAAGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatc > 1:399942/1‑140 (MQ=255) ccACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGCCGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatcaa > 1:222571/1‑140 (MQ=255) cTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATGTCACAATCAAttt > 1:546432/1‑140 (MQ=255) | TAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCAATTT > USA300TCH1516_ALE/2241411‑2241670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |