| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,289,262 | C→G | 100% | W76C (TGG→TGC) | cdaA ← | Cyclic di‑AMP synthase CdaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,289,262 | 0 | C | G | 97.1% | 65.9 / ‑5.6 | 29 | W76C (TGG→TGC) | cdaA | Cyclic di‑AMP synthase CdaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (8/20); minor base T (1/0); total (9/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGA > USA300TCH1516_ALE/2289131‑2289397 | gATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTAAGTCGACCAAGGTGTTCTAAGGCACGTCTAAATTCTGGTAGAAATATTCCTACCAAAGCTACTACCCCGCATTGAAt < 1:160049/140‑1 (MQ=255) aCTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTg > 1:511207/1‑140 (MQ=255) aTTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTATCGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTATAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGt < 1:52414/140‑1 (MQ=255) aTTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGt < 1:65071/140‑1 (MQ=255) tAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACTCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTTTTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTc < 1:444774/140‑1 (MQ=255) taGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCAt > 1:9647/1‑140 (MQ=255) gCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAACTTTTTCCCCTCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATAc > 1:752776/1‑140 (MQ=255) gTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGGTCAATATCATACtt > 1:314626/1‑140 (MQ=255) tAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATct < 1:298752/140‑1 (MQ=255) tAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTATAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGGTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATct < 1:353282/140‑1 (MQ=255) aaaGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATctgct < 1:633565/140‑1 (MQ=255) aaaGCTACCTCTACCAAGTTGGTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTAGTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATctgct < 1:174709/140‑1 (MQ=255) ccTCTACCAAGTTTTTCTAACGTACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAAt < 1:512675/140‑1 (MQ=255) ccTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTTTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAAt < 1:288518/140‑1 (MQ=255) ccTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAAt < 1:424988/140‑1 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAAATGTTTCAGTCAACTTCAATATCTTACTAATGTGCTTACCAATAACAATTAc > 1:289003/1‑140 (MQ=255) gttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACt < 1:634845/140‑1 (MQ=255) gttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACt < 1:586834/140‑1 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTATATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACCATTACTa < 1:684597/140‑1 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTa < 1:503165/140‑1 (MQ=255) ttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTACTGACCAATAACAATTACTAata > 1:38126/1‑140 (MQ=255) cTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAataac > 1:455940/1‑138 (MQ=255) cGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACAAAATCAAATAATTTAGATGTAGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCACtt > 1:202281/1‑140 (MQ=255) cTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATTTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAATTAATTGTATc > 1:437030/1‑140 (MQ=255) tatTACTATTAATGCTCATACCCCGCTTTGAATAACGATATCGAATATTTTAGATGTTGCAGTCTAGTTCTATTTCATTCTTTTCTGCTGATCAATATCTATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTc < 1:27405/140‑1 (MQ=255) atTACTATTAAAGCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTcc < 1:400958/140‑1 (MQ=255) gCTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGt < 1:385531/140‑1 (MQ=255) cTAATACCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtg < 1:352571/140‑1 (MQ=255) aCCCCGCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgag < 1:264757/140‑1 (MQ=255) ccccgcATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgaga < 1:539954/140‑1 (MQ=255) | GATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGA > USA300TCH1516_ALE/2289131‑2289397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |