Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,709,576 | C→T | 100% | G451S (GGT→AGT) | oatA_2 ← | O‑acetyltransferase OatA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,709,576 | 0 | C | T | 96.4% | 172.2 / ‑1.8 | 56 | G451S (GGT→AGT) | oatA_2 | O‑acetyltransferase OatA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (28/26); total (28/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > USA300TCH1516_ALE/2709440‑2709712 | tttttAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAAt < 1:15919/140‑1 (MQ=255) gCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTTTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACTATGACCGAGTTACTATTTAATAg > 1:284473/1‑140 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga < 1:408283/140‑1 (MQ=255) ttATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAAACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGtgatga > 1:591770/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCTATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGc < 1:476691/140‑1 (MQ=255) cGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTCATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGc > 1:375925/1‑140 (MQ=255) gAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGTAATTCCCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCt < 1:556727/140‑1 (MQ=255) gTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTTCATCTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTATCAATATCCACCATGACCACGACACTAATTAATAGAGGTGAGGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCttg > 1:577223/1‑139 (MQ=255) gTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTATGCTTa > 1:156904/1‑140 (MQ=255) ccGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCct > 1:448135/1‑140 (MQ=255) cTTGACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGAAGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTa > 1:550072/1‑140 (MQ=255) ttACCATCTATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATc < 1:22943/140‑1 (MQ=255) tgaCCATTCATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATGAACAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATc < 1:271352/138‑1 (MQ=255) tACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCCCTTGCTCATCt > 1:50382/1‑140 (MQ=255) tccATCAATTTGTTCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACTATGACCCAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCtt < 1:399665/139‑1 (MQ=255) aTCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCttttt < 1:672017/140‑1 (MQ=255) aTCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTAGCTGTTTGCTTATACTCTTGCTTATCttttt > 1:268391/1‑140 (MQ=255) gtgCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCTCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACt > 1:471732/1‑140 (MQ=255) gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACttt > 1:661244/1‑140 (MQ=255) gCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATATTCATCGGTTAACACACTTTGTTTGTCCTCGTACATATCTTTTTTAACGACttt > 1:360266/1‑140 (MQ=255) tttgTATTTTCTTAGTATAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTttc < 1:472452/137‑1 (MQ=255) ggTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACTAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCCCTGTCTGATTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACTACTTTTttctt 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TTTTTAGCATAGTCTTTATATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAATTTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGT > USA300TCH1516_ALE/2709440‑2709712 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |