| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | G→A | 100% | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 100.0% | 66.5 / NA | 23 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (10/13); total (10/13) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAA > USA300TCH1516_ALE/76833‑77090 | ttCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGAAAGTTAAACGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGt < 1:521598/140‑1 (MQ=255) aGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTaa < 1:722765/140‑1 (MQ=255) gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAt > 1:697094/1‑140 (MQ=255) aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtata < 1:430743/140‑1 (MQ=255) aTTAGCATCATTCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAtt < 1:757999/140‑1 (MQ=255) aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGCACCT‑ATAAAATACATGGTGGTATAAGGTTTATTTATATAGAGTTAGTGCAAACTTTGATTTgg > 1:673958/1‑140 (MQ=17) aGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTgg > 1:485687/1‑140 (MQ=255) cTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAAt < 1:232291/140‑1 (MQ=255) gCAAGTTAAGCGAACACTGAGATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGGAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCTAACATTGATTCGGGTCAAAAATTAg > 1:463872/1‑140 (MQ=25) gCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAg > 1:684837/1‑140 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTAtt < 1:52146/140‑1 (MQ=255) aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa < 1:220534/140‑1 (MQ=255) aGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa < 1:6093/140‑1 (MQ=255) cTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCt > 1:74436/1‑140 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGTCTTAAAAGGTTAATTTATATTGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 1:617530/140‑1 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag > 1:615766/1‑140 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 1:505567/140‑1 (MQ=255) taacttGCAAAAAAACCTAAAAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCGAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGagag < 1:694135/136‑1 (MQ=255) ttGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTaa < 1:82259/140‑1 (MQ=255) ttGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGAATGGAGAGGTTaa > 1:210895/1‑140 (MQ=255) cAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCa > 1:55739/1‑140 (MQ=255) t‑ataAAAAACATGGGTTTAACAGGTTAATTTATATTGTCTTCCTCCTTTTACACATTTGGGTCAAAAATTAGGTGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATtatata < 1:172707/140‑1 (MQ=255) aaaaaaCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGAATTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATaaaa > 1:404168/1‑140 (MQ=255) | TTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCT‑ATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAA > USA300TCH1516_ALE/76833‑77090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |