| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,241,539 | T→C | intergenic (‑182/+284) | murA2 ← / ← fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,241,539 | 0 | T | C | 100.0% | 30.6 / NA | 9 | intergenic (‑182/+284) | murA2/fba | UDP‑N‑acetylglucosamine 1‑carboxyvinyltransferase 2/Fructose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (7/2); total (7/2) | |||||||||||
TTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCA > USA300TCH1516_ALE/2241420‑2241666 | tttACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAata < 1:73073/149‑1 (MQ=255) aaaTAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGa > 1:218571/1‑149 (MQ=255) gTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAAt > 1:264725/1‑149 (MQ=255) ttCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACg > 1:132120/1‑149 (MQ=255) tCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCt < 1:170720/149‑1 (MQ=255) tGCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaat > 1:23623/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatc > 1:303749/1‑149 (MQ=255) cTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatca > 1:303520/1‑149 (MQ=255) cTGTTCTTCCCCACTTGACCACGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCAcaatca > 1:37369/1‑149 (MQ=255) | TTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTTTCGATTGATTAATAACAAATCATTCACCTTTACTAATATATGCTGTTCTTCCCCACTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTATTCAACTAAATATTGACGTTGTTTTGACAATTATTTAGTTTTAATTCTACGGTTTTCACGTAAACTTTTTTCATAAATTGCTCATTTTCCTTATAATTATATCACAATCA > USA300TCH1516_ALE/2241420‑2241666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |