Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | T→A | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900 ← / → USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | 0 | T | A | 95.7% | 71.5 / ‑4.8 | 24 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900/USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (11/11); minor base C (0/1); total (12/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TCTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑TAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACTAGAA > USA300TCH1516_ALE/195144‑195430 | tCTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATATTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑aaaaaa > 1:316776/1‑148 (MQ=255) tCTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGTAAATATTTTTTACAGAATTTTATCTAAAT‑TT‑Taataaa > 1:172455/1‑148 (MQ=255) cTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑Aaaaaaa < 1:190471/148‑1 (MQ=255) tCTAGCTAAACTTGCTACGACAGAGTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTaa > 1:316605/1‑148 (MQ=255) gCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATc < 1:297426/148‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAAATATCTTAATATc < 1:123944/148‑1 (MQ=255) tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCt > 1:372329/1‑148 (MQ=255) gACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa > 1:631591/1‑148 (MQ=255) aGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTTATCCGATAAGa > 1:312444/1‑148 (MQ=255) cTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtat < 1:100666/148‑1 (MQ=255) aTGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 1:153869/1‑148 (MQ=255) tGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt > 1:477535/1‑148 (MQ=255) aTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATATTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTc > 1:89438/1‑148 (MQ=255) tatatataTGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGt < 1:524562/148‑1 (MQ=255) atGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATAATCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAACTATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTTTATTCCGATAAGAATTATAGTAGTTTTTTTTCAACCATTGTtatctga > 1:163674/1‑144 (MQ=255) tttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 1:252506/148‑1 (MQ=255) atttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtt < 1:478659/148‑1 (MQ=255) ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAAt > 1:202879/1‑148 (MQ=255) aCCCTAACCTGATTTTTATCCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa < 1:13196/148‑1 (MQ=255) aCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTATTATTAATGA‑AATAtttt > 1:234449/1‑148 (MQ=255) ttccaTTTTTATACGCATCCAAATTAGAGTTGACTGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCCTAATATCCTTGTATTCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt < 1:13127/144‑1 (MQ=255) tGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 1:251036/148‑1 (MQ=255) aaaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATGTT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCtt > 1:630136/1‑148 (MQ=255) agtatT‑CAAAAAAATATATTATTCAGCATCGAATGCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACTa < 1:297968/146‑1 (MQ=255) atT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTATTAATCCGATAAGAATTATAGTAACATTCTTTCAACCATTGTTATAGGAGGCCTTATTAATGACATTATTATTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTCCATCAACGAAAGAAGAACTAGaa < 1:318911/148‑1 (MQ=255) | TCTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑TAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACTAGAA > USA300TCH1516_ALE/195144‑195430 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |