Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | C→A | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 → | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 629,681 | 0 | C | A | 100.0% | 56.0 / NA | 18 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_RS02990 | 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (8/10); total (8/10) |
CGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAT > USA300TCH1516_ALE/629545‑629818 | cGAAGGTTCACCAGCAGTAAAACAAACGGAAGACAACACGAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGAATATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAgg < 1:91300/141‑1 (MQ=255) caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga < 1:43460/141‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAGTATTAGCAGAAATGAAAATTATAGATGCAGCTGTTTATGAAGTTAGCCAAGAAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTATAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGTTGAAGcg > 1:50737/1‑140 (MQ=255) aaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa > 1:64037/1‑141 (MQ=255) aaaGTATCAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa < 1:64399/141‑1 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaaa > 1:107799/1‑141 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaaa > 1:103901/1‑141 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGAAGTTAAAGTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaaa > 1:416479/1‑141 (MQ=255) ttAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGGGTTGCAGAAGAGGCATCAATTCAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataat > 1:12982/1‑141 (MQ=255) aGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAAtaataa < 1:130013/141‑1 (MQ=255) aaaaTTATAGATGCAGCTGAATATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAGTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCACCAATTAAAGCAGCTACTGAAGAAACTCATAAAAATAATAAACAATTACTa > 1:303310/1‑141 (MQ=255) ataGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGat < 1:17613/141‑1 (MQ=255) gATGCAGATGATTATGAAGTTAGACAAGCAATTAAATTTGGCGAGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTAGAGAAGATGCATCATATGCATCTGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATg < 1:366233/141‑1 (MQ=255) aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGc < 1:497961/141‑1 (MQ=255) aGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGc < 1:15058/141‑1 (MQ=255) gCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCt < 1:43816/141‑1 (MQ=255) cTGATTATGAAGTTAGACAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTg < 1:312246/141‑1 (MQ=255) ggCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGACAAACGTGCAAAAGAACTa > 1:441737/1‑141 (MQ=255) ataataGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 1:326798/141‑1 (MQ=255) | CGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAT > USA300TCH1516_ALE/629545‑629818 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |