| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_012417 | 2073 = | 584 (0.870) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 895 total aligned reads displayed.
TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 | tCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGTGAAAAt > 1:139062/1‑141 (MQ=255)aacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgct < 1:62237‑M1/1‑1 (MQ=255) acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttcgatactatttattccaattgctt < 1:665676‑M1/2‑1 (MQ=255) acttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctt < 1:305703‑M1/2‑1 (MQ=255) cttaaaggtcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcttt > 1:578362‑M1/139‑141 (MQ=255) acacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTTTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTAGAAAGAAGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt < 1:673009/141‑1 (MQ=255) taaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAt > 1:186199‑M1/137‑141 (MQ=255) ttGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTATATCAAGTTTAAGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTAtt < 1:330813/140‑1 (MQ=255) aaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaatggggataaaaggaaacctagctggaattgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAtt < 1:521042‑M1/6‑1 (MQ=255) tGTTTTTTTATTCTTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTg < 1:143128/141‑1 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaagggaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTg < 1:523896‑M1/7‑1 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttacatacgggttactttaggtcctatttattccaattgcTTTattt < 1:171233‑M1/7‑2 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTg < 1:120074‑M1/7‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGa > 1:282669/1‑141 (MQ=255) gTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGa < 1:645236/141‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGa < 1:386959/141‑1 (MQ=255) agggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGa > 1:357059‑M1/134‑141 (MQ=255) tttttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCGGAGAAAAATTATTGAt > 1:460258/1‑141 (MQ=255) tttttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGAt > 1:53807/1‑141 (MQ=255) tttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGt < 1:433570/141‑1 (MQ=255) ttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTATATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAATATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGtt < 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(MQ=35) acgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGGTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACg < 1:383087/141‑1 (MQ=21) cgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTGTTAAGCCGACAATTCGACAAGATTTGGGATTGTGAAGGGGTCCGAGGCGCACCgg > 1:609374/1‑140 (MQ=11) cgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGt > 1:628111/1‑141 (MQ=34) cgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGt > 1:765764/1‑141 (MQ=34) gacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTc > 1:296491/1‑141 (MQ=33) cATTTATGCCGAGAATATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa < 1:477779/141‑1 (MQ=17) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAGTG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACATGTTTTGGGCGTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCACTaaa > 1:154214/1‑141 (MQ=11) ttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg < 1:723658/141‑1 (MQ=32) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa < 1:402507/141‑1 (MQ=32) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGACCCCTTACCTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAt < 1:94802/141‑1 (MQ=17) ccGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAtt > 1:345578/1‑141 (MQ=32) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg > 1:325596/1‑141 (MQ=32) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 1:226428/141‑1 (MQ=32) gaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAATGTCAATAAAGCAATTGGaa < 1:419896/141‑1 (MQ=11) TTTATTGATGTTGAGAAGAACGCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGCCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat < 1:393868‑M1/141‑1 (MQ=255) TTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat < 1:90677‑M1/141‑1 (MQ=255) TTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat < 1:112705‑M1/141‑1 (MQ=255) TTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGGTCCGAGGCTGAACGTCAATAAAGCAATGGGaataaat < 1:371287‑M1/141‑1 (MQ=255) | TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |