New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	41 (1.230)	31 (1.340) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	25/180	NT	52.2%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGA‑AAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512759                                                                                                                                             |                                                                                                                                            gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                             >  1:242283‑M1/141‑141 (MQ=255) 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             ccatgccgaacacagaagttaagctcgttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcatttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacgagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:461359‑M1/128‑141 (MQ=255)              ccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggctaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:348460‑M1/128‑141 (MQ=255)              ccatcccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:503906‑M1/128‑141 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.