| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 707,910 | A→G | 100% | intergenic (‑1/‑121) | znuC_1 ← / → ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 707,910 | 0 | A | G | 99.1% | 114.2 / ‑6.5 | 35 | intergenic (‑1/‑121) | znuC_1/ideR | High‑affinity zinc uptake system ATP‑binding protein ZnuC/Iron‑dependent repressor IdeR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (16/18); minor base C (1/0); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAA > USA300TCH1516_ALE/707782‑708046 | gAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTACC‑AAGCGTTTATAcctc > 1:262176/1‑141 (MQ=255) aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTaa < 1:630834/141‑1 (MQ=255) aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTGCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTaa > 1:434665/1‑141 (MQ=255) cACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt < 1:682785/141‑1 (MQ=255) aCCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGttt < 1:198844/141‑1 (MQ=255) gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa > 1:30798/1‑141 (MQ=255) gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTGTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 1:596087/141‑1 (MQ=255) ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATATTCCGATCTGTGC‑AGGCGTTTCTACCTCCCAATTAAAAGTTTCGGCTAACCta > 1:359524/1‑141 (MQ=255) cctGATATCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa < 1:710545/139‑1 (MQ=255) cATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATTGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa < 1:188175/141‑1 (MQ=255) cATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaa < 1:240783/141‑1 (MQ=255) cATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTGTATACCTCCTAATTAAAAGGTTAGGCGAACCtaa > 1:314641/1‑141 (MQ=255) aCCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCCaattaatt > 1:345053/1‑141 (MQ=255) ccAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTG‑TACTGACTGTCCGTTTTTTTCTACTACTTAGAACATTAGGCTAACCTAATTAATTg > 1:552555/1‑141 (MQ=255) tttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataata < 1:538842/141‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTACTGGTATCGAGAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAGC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCCAACCTAATTAATTGTATAATaaa > 1:482150/1‑141 (MQ=255) tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAt > 1:642847/1‑141 (MQ=255) agTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTCAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAt < 1:638033/140‑1 (MQ=255) gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat < 1:498619/141‑1 (MQ=255) ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACaa < 1:332087/141‑1 (MQ=255) ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACaa > 1:501828/1‑141 (MQ=255) aCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAatg < 1:216799/141‑1 (MQ=255) aCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTACACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAatg < 1:216800/141‑1 (MQ=255) aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTAGACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATCTAATAT‑AGACAatgtatgt < 1:497155/141‑1 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTg < 1:280726/141‑1 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTg > 1:647177/1‑141 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGCATATTTATCTTGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑ACACAATGTATGGGAGGTGaa > 1:164114/1‑141 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTGATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCGTGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATGAGA‑AATGTGAGTGAGGCGaaa > 1:240223/1‑141 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGaaa > 1:420819/1‑141 (MQ=255) tCTTTTGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 1:656264/141‑1 (MQ=255) tttGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTa < 1:696388/141‑1 (MQ=255) ttGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAGTTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTCTGTTaa > 1:667350/1‑141 (MQ=255) ttGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTaa > 1:301750/1‑141 (MQ=255) tGTTTCTAAC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAAc < 1:152884/141‑1 (MQ=255) aC‑AAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGaaa > 1:231228/1‑141 (MQ=255) | GAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAAC‑AAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAT‑AGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAAA > USA300TCH1516_ALE/707782‑708046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |