Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 105.9 / ‑6.5 | 31 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (17/13); minor base C (0/1); total (17/14) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAAT > USA300TCH1516_ALE/1416325‑1416580 | aaCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTg < 1:80829/141‑1 (MQ=255) aaTCACAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAat < 1:542708/141‑1 (MQ=255) tAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTc < 1:654962/141‑1 (MQ=255) tttcactgtgTTTTATATTTAATTAGACGTTCAGTATATGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATCATTTGACCTTCTTTTAAATCATAATTGTACTGACGATATTTCAATACATGACtt < 1:495372/135‑1 (MQ=255) 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1:431830/1‑141 (MQ=255) tCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCCTTCAATAATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATTACTTAATTTATTTGTAATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGc < 1:548244/141‑1 (MQ=255) aTACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTg > 1:191321/1‑141 (MQ=255) tACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGt > 1:103452/1‑141 (MQ=255) tACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGt > 1:741590/1‑141 (MQ=255) aCTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTTAATGATTTGACTTTCTTTTCGACTGTCCTTGGGGGGGCATTTTTTTTAGACATGATTTAAGTTATGAGTCATAATAAATAATGTTTGACTAGGTTCTAATACAATATGCTGta > 1:756014/1‑141 (MQ=255) aaaTGATTAATATTGCCTCGTTCAATGATATGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATaaa > 1:408445/1‑141 (MQ=255) aTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATc > 1:261890/1‑141 (MQ=255) gATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCa < 1:341315/141‑1 (MQ=255) aaTATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAACTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCAc < 1:46068/141‑1 (MQ=255) atatTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACt > 1:682734/1‑141 (MQ=255) atatTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACt > 1:15129/1‑141 (MQ=255) atTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAAGATGCTGTAATAAATCCATCACTTg > 1:380337/1‑141 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa > 1:470623/1‑141 (MQ=255) ttGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGAGAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAAGCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATc > 1:530643/1‑141 (MQ=255) ccTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAat < 1:572492/141‑1 (MQ=255) | AACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAAT > USA300TCH1516_ALE/1416325‑1416580 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |