Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	1,909,252	(T)5→4	coding (59/303 nt)	USA300HOU_RS09460 →	hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	1,909,248	0	T	.	95.2%	90.0 / ‑1.4	21	coding (55/303 nt)	USA300HOU_RS09460	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base . (8/12);  minor base A (0/1);  total (8/13)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAAT  >  USA300TCH1516_ALE/1909132‑1909375                                                                                                                     |                                                                                                                                aCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTATTACAAATAACTtttt                                                                                                        >  1:216426/1‑141 (MQ=255)    aTTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAAAGTTTTTCt                                                                                                     >  1:132300/1‑141 (MQ=255)        ttttATGATTGTTTATTATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGt                                                                                                 <  1:120485/141‑1 (MQ=255)        ttttATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGt                                                                                                 <  1:187142/141‑1 (MQ=255)            aTGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGAc                                                                                             <  1:19629/141‑1 (MQ=255)                      aTGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTc                                                                                   <  1:305421/141‑1 (MQ=255)                       tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCt                                                                                  <  1:163386/141‑1 (MQ=255)                       tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGACTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATATCGTTTTCCTAATTGGACTTTTTAAtttt                                                                                  >  1:198925/1‑139 (MQ=255)                                    aaaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa                                                                     <  1:63024/141‑1 (MQ=255)                                    aaaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa                                                                     <  1:120324/141‑1 (MQ=255)                                     actGATAATCATCCAGGCGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTCCTTATCTAGCTTAATGCTTATCTTAAG‑ATTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAAt                                                                    <  1:391226/139‑1 (MQ=255)                                     aaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAAt                                                                    <  1:267391/141‑1 (MQ=255)                                                tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCa                                                         >  1:234214/1‑141 (MQ=255)                                                tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCa                                                         >  1:42515/1‑141 (MQ=255)                                                                   ctcGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGt                                      <  1:21127/141‑1 (MQ=255)                                                                            aaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAtttt                             >  1:50465/1‑141 (MQ=255)                                                                              aaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGt                           <  1:304531/141‑1 (MQ=255)                                                                                 tACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCta                        <  1:185354/141‑1 (MQ=255)                                                                                   cTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCtata                      >  1:41550/1‑141 (MQ=255)                                                                                              cTAGCTTAATGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGa           <  1:185760/141‑1 (MQ=255)                                                                                                       tGATTATTTTAAGC‑TTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAAt  >  1:205860/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                     |                                                                                                                                ACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAAT  >  USA300TCH1516_ALE/1909132‑1909375

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑