Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | A→T | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0% | 27.0 / NA | 9 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (5/4); total (5/4) |
ATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGA > USA300TCH1516_ALE/1513804‑1514054 | atgtatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGatt > 1:365070/1‑141 (MQ=255) atgtatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGatt > 1:60885/1‑141 (MQ=255) aTGGGGTTTGTCTCTTGGCTAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATACAAGTACCAAATCGCGTAAAACAACAAGCATCTATATCACTCACAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACtt < 1:331849/141‑1 (MQ=255) aTGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACAACATAGCATAACCAAACCAGAATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACtt < 1:331868/141‑1 (MQ=255) aaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTGTTATGGTATTAGGAGTAGTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGaa > 1:273902/1‑141 (MQ=255) gCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt > 1:69163/1‑141 (MQ=255) caTCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTaaa > 1:70651/1‑141 (MQ=255) aaCCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACtt < 1:79735/141‑1 (MQ=255) cACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGa < 1:327398/141‑1 (MQ=255) | ATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGA > USA300TCH1516_ALE/1513804‑1514054 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |