| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | A→G | 52.1% | intergenic (+711/‑6052) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 52.1% | 15.4 / 135.8 | 108 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/25); new base G (29/27); total (56/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATC > USA300TCH1516_ALE/512507‑512779 | gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa > 1:31400/1‑141 (MQ=255)gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa > 1:133059/1‑141 (MQ=255) aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctcgggtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa < 1:380469‑M1/29‑1 (MQ=255) gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt < 1:383343‑M1/31‑1 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt > 1:866846/1‑141 (MQ=255) tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTATGTCGTTTATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg < 1:673094/141‑1 (MQ=255) ttaagctccttagcgtcgatgttagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg > 1:766306‑M1/110‑141 (MQ=255) agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGCATTAAAATTTGATAGAATGtat < 1:1086‑M1/35‑1 (MQ=255) gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata < 1:439326‑M1/36‑1 (MQ=255) cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAATTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat > 1:317798/1‑141 (MQ=255) cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat > 1:8432/1‑141 (MQ=255) tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat > 1:574311/1‑141 (MQ=255) tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat > 1:646320/1‑141 (MQ=255) tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat > 1:716520/1‑141 (MQ=255) agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt < 1:122203‑M1/43‑1 (MQ=255) ttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc < 1:264556/141‑1 (MQ=255) tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagggtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgtttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTGATTGACTTCAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg < 1:507329‑M1/47‑1 (MQ=255) tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg < 1:37853‑M1/47‑1 (MQ=255) ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 1:460607‑M1/52‑1 (MQ=255) ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 1:131521‑M1/52‑1 (MQ=255) ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 1:353732/1‑141 (MQ=255) gAAAGCCTGTATAATAGTTATTGGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg < 1:295140/141‑1 (MQ=255) agccgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccagggagttttttaatcaaattttgcttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:302499‑M1/87‑141 (MQ=255) agacgaactgaagtgccgctaaggtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:78598‑M1/87‑141 (MQ=255) aaaGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa < 1:859499/141‑1 (MQ=255) cgaacttacgttccgctagagtagcacgttgccaggcaattttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa < 1:558273‑M1/58‑1 (MQ=255) cgaacttacgttccgctacagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa > 1:106843‑M1/84‑141 (MQ=255) aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa < 1:160661/141‑1 (MQ=255) cttacgccccgtgagggtagaacgttggcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg > 1:110172‑M1/80‑141 (MQ=255) gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa > 1:704691/1‑141 (MQ=255) ataGTATTGATTTGTGGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATCGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 1:31696/141‑1 (MQ=255) acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaacaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAACGTTGATCACATGTATAATTCATCCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 1:608140‑M1/65‑1 (MQ=255) acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc > 1:410566‑M1/77‑141 (MQ=255) gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaattggacaagataaAAAAAGTTATTGTCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt > 1:561709‑M1/75‑141 (MQ=255) gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt > 1:343663‑M1/75‑141 (MQ=255) aGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt < 1:88859/141‑1 (MQ=255) tttttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg < 1:625914/139‑1 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattgtggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg < 1:459733‑M1/69‑1 (MQ=255) tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa < 1:54189/141‑1 (MQ=255) tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa < 1:757547/141‑1 (MQ=255) ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 1:391267‑M1/69‑141 (MQ=255) ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggatgcatcaattaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 1:629840‑M1/69‑141 (MQ=255) tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatagaaggtacaagatcaAAAAACTGATGGACTTAAATGTTGATAAAATTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc < 1:204263‑M1/74‑1 (MQ=255) tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTGAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTACTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGACCATTGAAACCTGa > 1:551704/1‑141 (MQ=255) tgAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg < 1:242302/141‑1 (MQ=255) ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa > 1:833168/1‑141 (MQ=255) gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat > 1:319745‑M1/57‑141 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg > 1:717797/1‑141 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGGCAATATGTc < 1:217698‑M1/90‑1 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc < 1:828659‑M1/90‑1 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGGAATAACTTGAATTACTACGGAAAAGTAATGTAAAACCGGCTGGGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:861232/1‑141 (MQ=25) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTCACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTCTCCGTAAGAAAAGTCAACATTGAAAACTGAATGGACATACGTCAAc > 1:814849/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGCGAATTAATGTTAAAAAGTTATTGCCTTGAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTCAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAATATATCAAc > 1:33305/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAACATATGTCAAc > 1:628229/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGATAATAAAATGTATAACGATGGCGCGTCGGTGAGAAAAATGAACATAGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:163746/1‑141 (MQ=255) agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt > 1:710099‑M1/47‑141 (MQ=255) tttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa < 1:220098‑M1/98‑1 (MQ=255) caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAATATGTACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 1:814272/1‑141 (MQ=255) caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:396501/141‑1 (MQ=255) caactGAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:54725/141‑1 (MQ=255) aaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:206085/140‑1 (MQ=255) aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa > 1:702760‑M1/39‑141 (MQ=255) aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa > 1:654529‑M1/39‑141 (MQ=255) atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 1:661728‑M1/38‑141 (MQ=255) atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 1:79506‑M1/38‑141 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa < 1:801113/141‑1 (MQ=255) gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGCATGACAATCTTTCAACGTTAATTCCaataa > 1:12596/1‑141 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 1:119083‑M1/114‑1 (MQ=255) ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt < 1:738996/141‑1 (MQ=255) gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt > 1:365236‑M1/27‑141 (MQ=255) gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat > 1:532883/1‑141 (MQ=255) aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGAGAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 1:862316‑M1/23‑141 (MQ=255) aaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg > 1:54152‑M1/22‑141 (MQ=255) tACTAACGATAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGATTACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt < 1:726388/141‑1 (MQ=255) aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 1:104729‑M1/20‑141 (MQ=255) aCTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAATAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt < 1:184354/141‑1 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAGTGTATAATTAATTCTTGACGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCTACGTTAATGCCAAAAACGGTAACTGTACGtgta > 1:442714/1‑138 (MQ=37) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGttga > 1:304021/1‑139 (MQ=255) atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACCTTGAAAACTGACTGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc > 1:705253‑M1/14‑141 (MQ=255) agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt < 1:635079‑M1/135‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACAATATTTAg > 1:762293/1‑141 (MQ=255) tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGCAACTATAAGTTACAAACCTTATTTAGt < 1:639468/141‑1 (MQ=255) ttaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt > 1:298676‑M1/4‑141 (MQ=255) aaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 1:436642‑M1/139‑1 (MQ=255) aaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATGAGTTACAAACattatttattattt > 1:441118/1‑141 (MQ=255) aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCTACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg > 1:486917/1‑141 (MQ=255) aGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg > 1:472917/1‑141 (MQ=255) ttATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg < 1:557533/141‑1 (MQ=255) ttATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg < 1:704726/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt > 1:802124/1‑141 (MQ=255) aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt < 1:687030/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTCACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt > 1:114730/1‑141 (MQ=255) tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACACACATTATTTAGGATTTATGAGCTACTCaaa > 1:291909/1‑141 (MQ=255) tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa < 1:690409/141‑1 (MQ=255) tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa > 1:824462/1‑141 (MQ=255) tAAATGTTAATAAAGTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAACCaaa < 1:622800/141‑1 (MQ=255) tAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa < 1:465968/141‑1 (MQ=255) tAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCaaa > 1:868994/1‑141 (MQ=255) aTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat < 1:212751/141‑1 (MQ=255) tGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTCACAAACATTATTTAGTATTTACGAGCTAATCAAAcatc < 1:485747/141‑1 (MQ=255) | GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATC > USA300TCH1516_ALE/512507‑512779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |