Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | T→G | 100% | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 → | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | 0 | T | G | 100.0% | 132.9 / NA | 37 | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (17/20); total (17/20) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAA > USA300TCH1516_ALE/665257‑665525 | caacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATAtt > 1:621092/1‑141 (MQ=255) aGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATc > 1:311534/1‑141 (MQ=255) aaGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAAc < 1:454622/141‑1 (MQ=255) aaGCTTCATATAATGAAAATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAATGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAAc < 1:219358/141‑1 (MQ=255) cATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAAt < 1:250551/141‑1 (MQ=255) ataATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGc > 1:395267/1‑141 (MQ=255) taATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCa < 1:521711/141‑1 (MQ=255) tGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACa > 1:827752/1‑141 (MQ=255) aCATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATAc < 1:174758/141‑1 (MQ=255) catcatTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACa < 1:126604/141‑1 (MQ=255) tcatTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGGGAAGAATGATATTGATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAAGCGCAACATACAgg > 1:67228/1‑141 (MQ=255) agaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTa < 1:148984/141‑1 (MQ=255) gaaaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTAc < 1:590008/141‑1 (MQ=255) cTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTg < 1:867617/141‑1 (MQ=255) ttCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGt < 1:303846/141‑1 (MQ=255) aGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTaaa > 1:349645/1‑141 (MQ=255) gAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATAGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAAt > 1:738070/1‑141 (MQ=255) gAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTCGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCGGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTAGGGTACAGCATGGTTAAAt > 1:364168/1‑141 (MQ=255) aCAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGa < 1:256109/141‑1 (MQ=255) catttattCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATGATGCGAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGaa < 1:726013/138‑1 (MQ=255) aaTTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAg > 1:467094/1‑141 (MQ=255) ttattCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGa < 1:351985/141‑1 (MQ=255) aagGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATa > 1:706428/1‑141 (MQ=255) gTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAAt > 1:733186/1‑141 (MQ=255) aaTGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAAttt < 1:56230/141‑1 (MQ=255) aTGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGTTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTg > 1:257630/1‑141 (MQ=255) aTGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTg > 1:366599/1‑141 (MQ=255) tttaggCCTTGCTAACTTAATTTACAGTGAAGAATGATAGTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTATATCATTGTTAAATGAAGGATTATCACTTTTTGAAGATAAATTTGAAGgtgt < 1:43915/137‑1 (MQ=255) ggCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTAc > 1:709662/1‑141 (MQ=255) ggCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTAc > 1:404413/1‑141 (MQ=255) ggCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTAc < 1:799715/141‑1 (MQ=255) ggCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTAACGTTTTCATAAATGAAGAACTATAACGTTGTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTAc > 1:853315/1‑141 (MQ=255) ggCTTTGCTAACTTTATTGACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTAc < 1:303858/141‑1 (MQ=255) tGCTAACTTTATGTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGa < 1:794583/141‑1 (MQ=255) tAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGt < 1:456278/141‑1 (MQ=255) ggTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAAt > 1:152642/1‑141 (MQ=255) gaagaaTGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATgaa < 1:475724/141‑1 (MQ=255) | CAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAATGAA > USA300TCH1516_ALE/665257‑665525 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |