Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | G→A | 100% | H104Y (CAC→TAC) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | 0 | G | A | 100.0% | 88.2 / NA | 28 | H104Y (CAC→TAC) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (16/12); total (16/12) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAC > USA300TCH1516_ALE/1744227‑1744499 | caattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTg > 1:678628/1‑141 (MQ=255) aattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGt < 1:749907/141‑1 (MQ=255) attATAAATGCAACACCTATTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGCTTAATTGCATCTTTGTACATTGtt < 1:554432/141‑1 (MQ=255) tGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACAtt > 1:83497/1‑141 (MQ=255) tactacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCata > 1:513419/1‑141 (MQ=255) actacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTTTTAAAACATTTGTACAatat > 1:830987/1‑141 (MQ=255) acGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt > 1:22179/1‑141 (MQ=255) ccGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCa < 1:439598/141‑1 (MQ=255) ccGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCa < 1:439705/141‑1 (MQ=255) tAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTc > 1:524862/1‑141 (MQ=255) ttttCAACAAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATaa < 1:440665/141‑1 (MQ=255) ttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCCACAGTAACTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATCTTCTAGGTCATACTCATAACg < 1:450804/141‑1 (MQ=255) cAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGaa < 1:632303/141‑1 (MQ=255) aaCTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAAt < 1:352618/141‑1 (MQ=255) aaCTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAAt > 1:215631/1‑141 (MQ=255) aaTTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAACACATGCGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACt > 1:373524/1‑141 (MQ=255) ttGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAg < 1:425549/141‑1 (MQ=255) tgctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGCGGTaa > 1:231616/1‑141 (MQ=255) aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCct > 1:119472/1‑141 (MQ=255) aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATATTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTACTTTCCct > 1:119021/1‑141 (MQ=255) ccaccaGTAGTTAATAAATCTTCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCtttt < 1:671276/141‑1 (MQ=255) gTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACTTTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGAAATTTCCCTTCTTTTCTAACa < 1:447718/141‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa > 1:617679/1‑141 (MQ=255) tAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAAGTGCAAAACCAATCCCCa > 1:801801/1‑141 (MQ=255) aTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAGCCAATCCCCAtg > 1:217640/1‑140 (MQ=255) cGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTCCAATTCTAACAGTTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATTAGCt > 1:450940/1‑141 (MQ=255) cGTTGACCTGGTTTAATTAATTAACGCTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCt > 1:865787/1‑141 (MQ=255) ttGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGGTACAGCACAGTCAATGATAAAGCCa < 1:476796/141‑1 (MQ=255) tgtaCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAc < 1:770791/141‑1 (MQ=255) | CAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAC > USA300TCH1516_ALE/1744227‑1744499 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |