| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,405,489 | G→T | 100% | intergenic (‑136/‑124) | USA300HOU_RS12375 ← / → ureA | Urea transporter/Urease subunit gamma |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,405,489 | 0 | G | T | 93.0% | 161.6 / 4.3 | 60 | intergenic (‑136/‑124) | USA300HOU_RS12375/ureA | Urea transporter/Urease subunit gamma |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base T (29/25); total (34/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > USA300TCH1516_ALE/2405355‑2405625 | tCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATTTCTGATATg > 1:532957/1‑141 (MQ=255) cTTTCAACTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGc < 1:712270/141‑1 (MQ=255) cACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTaaa < 1:775146/141‑1 (MQ=255) ttcctttGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAatat > 1:784492/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atatACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAAc > 1:551184/1‑141 (MQ=255) tataCTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCAGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACt > 1:617041/1‑141 (MQ=255) tactacTATTCTATGATAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGCTTAGATTGGTTGCTTCAATATCTGCTATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATCGTACttt > 1:433733/1‑141 (MQ=255) tactacTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACtct > 1:435056/1‑139 (MQ=255) ttCTATGCAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTa > 1:547305/1‑141 (MQ=255) ttCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTa < 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(MQ=255) tatTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaac > 1:151041/1‑141 (MQ=255) atTAATAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTTTTTGTTTTCGATTAGTTTGTTTGCTTCAATATCTGACATGCTAAATATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaaca < 1:580370/141‑1 (MQ=255) atTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCacaaca < 1:507430/141‑1 (MQ=255) tttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAat < 1:463444/141‑1 (MQ=255) tttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAat < 1:710332/141‑1 (MQ=255) ttttACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGGTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAAt > 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1:363672/141‑1 (MQ=255) ttAGATTGTTTGCTTCAATATCAGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAACATGAAATTGGGGGtt < 1:37681/141‑1 (MQ=255) gATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTa < 1:317765/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTa < 1:317886/140‑1 (MQ=255) tGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAACTTGGGGGTTTTAAtt < 1:875433/141‑1 (MQ=255) gTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAGATTGTATCTAATATGTAATTGGGGGTTTTAAttt > 1:231389/1‑141 (MQ=255) 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TCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > USA300TCH1516_ALE/2405355‑2405625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |