Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | G→A | 100% | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140 → / → USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 76,969 | 0 | G | A | 97.7% | 137.9 / ‑4.3 | 43 | intergenic (+509/‑107) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (24/18); minor base C (1/0); total (25/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCA > USA300TCH1516_ALE/76837‑77102 | gATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAAtt < 1:670169/141‑1 (MQ=255) cGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCACCTGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTtatata > 1:373763/1‑141 (MQ=255) ttttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTAt < 1:870081/141‑1 (MQ=255) ttttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTAt < 1:276715/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGAACACTGCCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTTCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTaaa < 1:382042/141‑1 (MQ=255) acacTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTaaaaaaa > 1:800284/1‑141 (MQ=255) gACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGATTAAAAATTCGGGGT‑ATTAAAAAaatgaat > 1:328709/1‑141 (MQ=255) aCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAGCAGAACCTATAAAAAACAAGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAATGATTTGGGTCAAAAAATAGGAGT‑TTTAAAGAaatgcata > 1:62545/1‑140 (MQ=37) aCATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAaatgaatg > 1:729087/1‑141 (MQ=255) gATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATc < 1:290175/141‑1 (MQ=255) aTAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCa < 1:477170/141‑1 (MQ=255) aTAAATGAGTGGTGAGTGATGTTTTTTTACTTTGCAAGCGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTAAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCa < 1:826618/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGCGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATa > 1:790730/1‑141 (MQ=255) aaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATaa > 1:48584/1‑141 (MQ=255) tGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTAt > 1:642810/1‑141 (MQ=255) 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1:579623/141‑1 (MQ=255) tttttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGG‑CGACCACGAGTATTGATAAAAACACTAAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTgg > 1:196618/1‑141 (MQ=255) ttttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGgaga > 1:14331/1‑141 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAgg > 1:212996/1‑141 (MQ=255) ttACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATCTTATGAAGCTGATTGGAGAgg < 1:445590/141‑1 (MQ=255) cTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTa > 1:751081/1‑141 (MQ=255) 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1:509421/1‑141 (MQ=255) aCATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTAtt < 1:213274/141‑1 (MQ=255) gggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGt > 1:712411/1‑141 (MQ=255) ggCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTc < 1:23971/141‑1 (MQ=255) gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAATTGCATTATATAAAATTTATTGAGTCa < 1:730394/141‑1 (MQ=255) gCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCa < 1:22708/141‑1 (MQ=255) | GATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGT‑ATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTATCAAGCTGATTGGAGAGGTTAAAATGCATTATATAAAATTTATTGAGTCA > USA300TCH1516_ALE/76837‑77102 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |