| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,405,489 | G→T | intergenic (‑136/‑124) | USA300HOU_RS12375 ← / → ureA | Urea transporter/Urease subunit gamma |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,405,489 | 0 | G | T | 75.6% | 150.4 / 53.8 | 83 | intergenic (‑136/‑124) | USA300HOU_RS12375/ureA | Urea transporter/Urease subunit gamma |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/9); new base T (35/27); total (46/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > USA300TCH1516_ALE/2405353‑2405625 | aaTCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGata < 1:429277/141‑1 (MQ=255) cTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGc > 2:381288/1‑141 (MQ=255) cTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGc > 1:563145/1‑141 (MQ=255) tCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATATGATATGCTaa > 2:277603/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAAttttt > 1:620492/1‑140 (MQ=255) gAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAAttttt > 1:620528/1‑140 (MQ=255) gAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTc > 1:876729/1‑141 (MQ=255) gAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTc > 2:155847/1‑141 (MQ=255) aaTCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATATGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCt > 1:344483/1‑141 (MQ=255) aTCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTa < 1:175143/141‑1 (MQ=255) aTTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAAtt < 1:245187/141‑1 (MQ=255) ttACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTa < 2:304952/141‑1 (MQ=255) ttACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTa > 1:235469/1‑141 (MQ=255) cTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTacac > 1:121843/1‑141 (MQ=255) tCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTAcaca < 2:407557/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) actaTTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGtat < 1:276239/141‑1 (MQ=255) taTTCTACGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTatat < 1:708342/141‑1 (MQ=255) aTGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTg > 2:421165/1‑141 (MQ=255) aTGAAAAGTTATATTAAAAACTAGTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATTTTACttt > 1:75205/1‑140 (MQ=255) aTGAAAAGTTATATTAAAAAATATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTg > 2:119121/1‑141 (MQ=255) tGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGt > 2:263286/1‑141 (MQ=255) gAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGtt < 2:294511/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGttt > 2:16550/1‑141 (MQ=255) aaGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCAACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTAt > 1:472121/1‑141 (MQ=255) gTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATca < 1:791856/141‑1 (MQ=255) gTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCTGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATca > 1:12267/1‑141 (MQ=255) 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1:838142/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTCTATTATTTGTGTATCGCAACAATTAGGATTAata > 1:106274/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAata < 1:222347/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAatat > 1:127334/1‑141 (MQ=255) tttACATAAATATATTCCACTATTTTTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAAtt < 1:880248/141‑1 (MQ=255) ttACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAAttt > 1:953473/1‑141 (MQ=255) 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AATCTTTCACCTTTCCTTTGAATCATTACTCATTAATATACTACTATTCTATGAAAAGTTATATTAAAAACTATTTTGGTTTTTACATAAATATATTCCACTATTTGTTTTCGATTAGATTGTTTGCTTCAATATCGGATATGCTAAAAATATAATTTTCTAATTACACATTGAACTTTGTATATTACTTGTTTATCACAACAATTAGGATTAATATAAATTTTGTAAATTGTATCTAATATGAAATTGGGGGTTTTAATTTGCATTTTACAC > USA300TCH1516_ALE/2405353‑2405625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |